Après la mort d'Urbain II, il se range aux côtés de Pascal II face à l'antipapeClément III. Il partage sa captivité en 1111, puis le soutient lors du synode du Latran de 1116.
Deux jours après la mort de Pascal II, le , Giovanni Coniulo est élu à Rome sous le nom de Gélase II. Il est aussitôt capturé par le clan Frangipani, puis libéré par la foule menée par le préfet urbain et le clan Pierleoni.
Les troubles empêchent néanmoins sa consécration et il doit quitter Rome au début du mois de mars, poursuivi par les troupes de l'empereur Henri V, lequel exige que la consécration se fasse en sa présence. Face au refus de Gélase II, Henri V suscite l'antipape Grégoire VIII. Gélase II, réfugié dans sa ville natale, se fait ordonner prêtre, puis évêque. Au mois d'avril, il excommunie l'antipape et Henri V.
Il revient à Rome au début de , après le départ d'Henri V, pour trouver la ville aux mains des Frangipani, qui soutiennent Grégoire VIII. Il doit de nouveau fuir et cherche protection en France auprès de Louis VI le Gros. C'est alors que, de passage à Saint-Gilles, au Languedoc, il rencontre Norbert de Xanten, futur fondateur des Prémontrés, et lui donne, par lettre officielle, licence de prêcher où il veut. Alors qu'il se dirige vers Vézelay pour rencontrer le roi, il tombe malade et meurt à l'abbaye de Cluny, où son corps est enterré.
Selon une certaine tradition, il aurait recommandé sur son lit de mort le cardinal Cunon de Préneste, légat en Allemagne puis, devant le refus de ce dernier, celui qui devait devenir Calixte II.
Bibliographie
Georg Schwaiger, « Gélase II », Philippe Levillain (dir.), Dictionnaire historique de la papauté, Paris, Fayard, (ISBN2-213-618577), p. 723-725.
Jacques de Guyse, « Histoire du Hainaut, traduite en français avec le texte en Latin… », vol. 12 p. 78/533, 3e partie des Annales de Hainaut, Tome IIlivre XVII. (lire en ligne)