Son élection a lieu le . La résistance d'Étienne est telle qu'il ordonne de fermer les portes de sa maison : celles-ci sont abattues violemment pour s'emparer de lui et le conduire à l'église. Étienne est couronné, sans la confirmation impériale ni l'assistance des ambassadeurs impériaux, à la fin du mois de . Quand Charles III le Gros constate l'unanimité de l'élection, il décide d'en rester là.
Étienne est appelé à faire face à une famine causée par la sécheresse et les criquets. Le trésor pontifical étant vide, il doit se rabattre sur la richesse de son père pour soulager les pauvres, sauver des prisonniers et pour réparer les églises.
En raison de l'influence du clergé allemand, Étienne interdit l'usage de la liturgieslave forçant ainsi les Slaves à rejoindre l'Église orthodoxe.
Avec l'aide de l'empereur Léon VI, dit le Philosophe, Étienne éteint le schisme de Photius. Cet hérésiarque est alors confiné dans un monastère et y meurt méprisé de tous les fidèles, ce qui met fin au schisme de l'Église orientale, entamé par Photius.