Le nom Chancellerie apostolique (Cancelleria apostolica) a été institué par le pape Innocent III en 1198, mais l'organisme existait déjà : ses origines remontent au IVe siècle, lorsque le christianisme est devenu religion licite (édit de Galère), et que l'Église de Rome a pu se doter d'une organisation administrative. Elle était dirigée par un cardinal qui, jusqu'en 1908, avait le titre de vice-chancelier.