Bohr abiellus 1912 Margrethe Nørlundiga, kellega oli tutvunud 1910. Üks nende poegadest Aage Niels Bohr sai tuntud füüsikuks, nobelistiks. Kokku sündis sellest abielust kuus poega, kellest üks suri lapsena meningiiti ja vanim uppus paadisõiduõnnetuses. Ülejäänud pojad olid Hans Henrik (arst), Erik (keemik) ja Ernest (jurist).
1916 tuli Bohr Kopenhaagenisse tagasi ja hakkas tööle teoreetilise füüsika õppetoolis ametikohal, mis just tema jaoks loodi. 1918 asutas ta ülikoolis teoreetilise füüsika instituudi, mida ta hiljem juhtis.
Bohrilt pärineb komplementaarsusprintsiip. Selle järgi võib objekte uurida nii, nagu neil oleks mitu teineteist välistavat omadust. Näiteks valgust võib uurida nii, nagu see koosneks osakestest, ja nii, nagu see oleks laine – omadused, mis pealtnäha tunduvad teineteist välistavat.
USA-s New MexicosLos Alamoses hakkas ta töötama tuumapommi kallal Manhattani projektis, kuid selle pommi potentsiaalne hävitusvõime kohutas teda niivõrd, et ülejäänud osa elust pühendas ta tuumaenergia rahuotstarbelise kasutamise propageerimisele. 1957 pälvis Bohr esimesena auhinna "Aatomid rahu eest" (viimasena pälvis selle tema poeg Aage).
1947 pälvis Bohr Elevandi ordeni. See antakse tavaliselt kõrgaadlikele ja tipp-poliitikutele, Bohr ja Tycho Brahe (1578) on ühed vähestest eranditest. 2012. aastal kuulus ordusse 75 inimest, neist 74 olid kõrgaadlikud ja poliitikud.
Elevandi ordeni saamine tähendas ühtlasi aadliseisusse tõstmist, millega seoses Bohr pidi saama oma vapi. Bohr kujundas oma vapi ise. Sellel on kujutatud yin ja yang ning ladinakeelnemoto "Contraria sunt complementa" ('Vastandid täiendavad teineteist').
Perioodilisustabeli element number 107, bohrium, on nimetuse saanud Niels Bohri järgi. Teine keemiline element hafnium (number 72) on nimetatud Bohri kodulinna Kopenhaageni järgi, sest Bohr ennustas selle omadusi.
Bohri aatomimudeli avaldamise 50. aastapäeva puhuks laskis Taani Post 21. novembril1963 välja postmargi, millel oli kujutatud Bohri, vesiniku aatomit ja valemit, mis kirjeldab kahe vesiniku aatomi tuuma ümber tiirleva elektroni energiataseme erinevust: . Bohri 100. sünniaastapäeva puhuks laskis Taani Post välja postmargi, millel oli kujutatud Bohr koos abikaasaga.