Pojezierze Krajeńskie leży w dorzeczach dwóch rzek bałtyckich: Wisły i Odry, a przez Krajeński Park Krajobrazowy przebiega główny wododział Polski. Do systemu rzeki Wisły należą rzeki: Kamionka, Sępolenka, Krówka, Wytrych, Kicz, Lucimka (dopływy Brdy). Pozostałe: Łobżonka z wodami Lubczy, Orlej, Rokitki, wpadają do Noteci i są dorzeczem Odry[2].
Występujące na terenie parku liczne jeziora i bagna dają początek 12 wypływającym z tego obszaru rzekom[2]. Największym z cieków jest Orla, która bierze swój początek w torfowiskach Messy. Innym dużym torfowiskiem są Łąki Mazurskie położone w dalszym biegu Orli.
Na terenie parku znajduje się 80 zbiorników wodnych, z czego 66 jezior posiada powierzchnię powyżej 1 ha.
Największe z nich to[2]:
Do najciekawszych pod względem krajobrazowym należą akweny położone w rynnach, tworzące ciągi jezior połączone z dolinami rzek.
Flora i fauna
Tereny leśne parku stanowią 26% jego obszaru. Porastają je w większości bory sosnowe, a na morenach występują lasy mieszane z domieszką grądów, których główny gatunek stanowią dęby z domieszką buka i innych drzew liściastych. Ogółem 28,3% drzewostanów to gatunki liściaste[3].
Roślinność Pojezierza Krajeńskiego jest zróżnicowana i stanowi pas przejściowy roślinności o charakterze zbiorowisk zbliżonych do morfologicznej strefy sandrowej. W runie leśnym na bagnach i licznych torfowiskach, znajdują się stanowiska roślin chronionych i rzadkich[2]. Wiele spośród dawnych bagien zostało osuszonych i zamienionych w łąki. Na niektórych terenach w związku z porzucaniem upraw rozpoczęła się sukcesja wtórna – obszary te zmieniają się ponownie w bagna, porośnięte lasami olsowymi.
Na terenie Krajeńskiego Parku Krajobrazowego zarejestrowano 96 pomników przyrody, w skład których wchodzą 993 obiekty. Głównie należą do nich drzewa oraz głazy narzutowe. Ponadto istnieje 75 obiektów uznanych jako użytki ekologiczne[2].