Usytuowany na skarpie nad brzegiem jeziora, wznoszony etapami od 1251 roku do II ćw. XIV w. W czasie budowy katedra była dwukrotnie niszczona najazdami Prusów (1267 i 1286), a w 1422 roku, w wyniku najazdów litewsko-tatarskich, nastąpił pożar kościoła (założono wtedy nowe sklepienia). Do ważniejszych późniejszych prac budowlanych należy podwyższenie i zwieńczenie w 1692 roku barokowym hełmem północnej wieży fasady. Katedra chełmżyńska poniosła dość duże straty w XIX i XX w. W 2. poł. XIX w. rozebrano przylegające do kościoła gotyckie krużganki i zabudowania kapituły. W 1906 roku zastąpiono pierwotny gotycki portal zachodni neogotyckąkruchtą. W 1950 roku wybuchł pożar, który zniszczył dachy, część sklepień nawy głównej, hełm wieży oraz belkę tęczową. Odbudowa w latach 1968-1971 przywróciła kościołowi dawny wygląd.
Jest to kościół gotycki, trójnawowy, o korpusie halowym, z transeptem i dwiema wieżami od zachodu, z których w pełnej wysokości zrealizowano tylko jedną (północną). Nawy boczne są dwa razy węższe od nawy głównej. Jego architektura łączy ze sobą elementy typowej architektury katedralnej, tj. transept, dwuwieżową fasadę i wieżyczki przy transepcie, z formami charakterystycznymi dla architektury zakonów żebraczych (franciszkanów i dominikanów), do których należy prostokątne prezbiterium bez obejścia. Z zewnątrz szczególnie bogato opracowany jest szczyt wschodni szczyt prezbiterium, dzielony blendami z maswerkami i zwieńczony sterczynami. Wnętrze jest przestronne, dzielone ośmiobocznymi filarami, wspierającymi sklepienia gwiaździste[1].
stalle fundowane w 1519 roku przez biskupa Jana Konopackiego, przekształcone w początku XVII w., z fragmentami późnogotyckimi
nagrobek biskupa Piotra Kostki (zm. 1595 roku) w prezbiterium, z arkadową wnęką mieszczącą postać zmarłego przedstawioną jako śpiąca osoba – prawdopodobnie dzieło warsztatu krakowskiego