Początki przedsiębiorstwa sięgają 1859, kiedy to hrabia Valdštejn założył w Pilźnie oddział swej fabryki maszyn i odlewni. W roku 1869 fabrykę wykupił jej główny inżynier Emil Škoda i od tego roku przyjęła ona jego nazwisko (jako tzw. Škodovy závody – Zakłady Škody). W 1899 następuje transformacja przedsiębiorstwa w spółkę akcyjną i przestawienie na produkcję broni. Po powstaniu Czechosłowacji w roku 1918 rozszerzono zakres produkcji o lokomotywy, samochody, samoloty, statki i inne.
Podczas II wojny światowej zakłady stały się ośrodkiem nazistowskiego przemysłu wojennego, a w kwietniu 1945 w wyniku nalotu aliantów zniszczone zostało 70% zakładów. Po wojnie przedsiębiorstwo znacjonalizowano i oddzielono od niego niektóre zakłady (m.in. fabrykę samochodów w mieście Mladá Boleslav – późniejsza Škoda Auto – i fabrykę samolotów w Pradze). Następuje przestawienie produkcji na potrzeby przemysłu ciężkiego, głównie państw bloku wschodniego. W latach 1951–1953 zakłady nosiły imię W.I. Lenina, ale z nazwy tej szybko zrezygnowano, gdyż odstraszała zagranicznych kontrahentów i powrócono do nazwy Škoda.
Po 1989 rozpoczęto prywatyzację, a w 1992 podjęto decyzję o wyborze tzw. „czeskiej drogi” podczas prywatyzacji (prywatyzacja bez udziału spółek zagranicznych). Spowodowało to problemy finansowe, ale groźbę bankructwa zażegnano w roku 1999 poprzez umowę z bankami. W kwietniu 2000 założono spółkę akcyjną Škoda Holding.
Od jesieni 2017 roku Škoda Transportation jest własnością grupy kapitałowej PPF. W maju 2018 r. zakończył się trwający od 2015 proces wykupu 100% akcji fińskiego producenta taboru Transtech[1].
Škoda wykorzystała lukę po największym producencie taboru tramwajowego w Czechach – zakładach ČKD w Pradze, które zostały wykupione przez koncern Siemens i zaprzestały produkcji tramwajów. Oprócz produkcji na rynek krajowy prowadzi także eksport.
Trójczłonowe wersje (03 T i 10 T) oznaczane są nazwą Astra (asynchronní tramvaj – tramwaj asynchroniczny), a w Brnie Anitra (asynchronní nízkopodlažní tramvaj – asynchroniczny tramwaj niskopodłogowy), zaś pięcioczłonowe (05 T, 06 T) nazwą Vektra (velkokapacitní tramvaj – tramwaj wielkopojemny).
Od roku 2002 jeden z kooperantów Škody – firma Inekon, podjęła wraz z przedsiębiorstwem komunikacyjnym miasta Ostrawy produkcję wozów Trio, bazujących na rozwiązaniach tramwaju 03 T. Od 2007 tramwaje Škody można również spotkać na ulicach Wrocławia, gdzie pojawił się najpierw model 16 T, a w 2011 19 T.
Zakłady Škoda produkowały lokomotywy parowe, spalinowe oraz elektryczne.
Lokomotywy parowe oferowane były od 1920 do 1958 roku. Łącznie powstało ponad 3300 parowozów.
Škoda wyprodukowała pierwszą lokomotywę elektryczną już w 1928 roku. Od tego momentu powstało ponad 5500 egzemplarzy elektrowozów różnego typu. Wiele z nich zostało wyeksportowanych do ówczesnego ZSRR.
Typ 109E
W drugiej połowie lat 90. w biurze konstrukcyjnym należącym do Škoda Transportation, rozpoczęto pracę nad całkowicie nową, elektryczną, wielosystemową lokomotywą przeznaczoną do prowadzenia pociągów pasażerskich z prędkością do 200 km/h. Nowy typ oznaczono jako 109E.
