Uralkodása alatt inkább törekedett arra, hogy növelje az osztrák örökös tartományok területét, és kevésbé foglalkozott a birodalmi ügyekkel. Dinasztikus politikája révén a bécsújhelyi kongresszus során elérte, hogy később uralkodóháza szerezhesse meg a magyar trónt, valamint a Burgundi Hercegség házasság útján történő megszerzésével megalapozta a későbbi Habsburg Birodalom hatalmi túlsúlyát Európában. Uralkodása alatt kezdett terjedni a mondás, „Bella gerant alii, tu felix Austria nube” azaz „Háborúskodjanak mások, te boldog Ausztria, házasodj!”.[1]
1448-ban Frigyes megkötötte a bécsi konkordátumot a Szentszékkel, ami biztosította a császár hatalmát egészen 1806-ig és erős kapcsolatot teremtett a Habsburgok és a szentszék között.
1452-ben, 37 évesen vette feleségül az akkor 18 éves Portugáliai Eleonórát. A hozománnyal enyhíthette adósságait és stabilizálhatta a hatalmát.
Frigyes volt az utolsó császár, akit Rómában koronáztak meg. A ceremóniát 1452-ben hajtotta végre V. Miklós pápa, aki így hatalommal ruházta fel Frigyest. Az újdonsült császár viszont semmi sikert nem volt képes elérni a csatamezőn, így ravasz tervekhez kellett folyamodnia. Ő lépett fel kiskorú unokaöccse, az osztrák uralkodó főherceg, cseh és magyar király, V. (Utószülött) László gyámapjaként. Ám inkább börtönőrnek bizonyult, aki megpróbálta kiterjeszteni a gyámsági kapcsolatot, hogy Alsó-Ausztriát elidegeníthetetlen birtokává tegye. Lászlónak 1452-ben sikerült kiszabadulnia alsó-ausztriai börtönéből és unokatestvéréhez, Zsigmondhoz menekült. Így Frigyes elvesztette befolyását Magyarország és Csehország fölött. Pár évtizeddel később, 1485-ben Hunyadi Mátyásmagyar király seregeivel egészen Bécsig nyomult előre. Végül minden konfliktusban Frigyes győzedelmeskedett, és sokszor még területeket is szerzett, például Alsó-Ausztriát 1457-ben korán elhunyt unokaöccsétől, V. Lászlótól. Bátyja, VI. Albert osztrák herceg pedig Felső-Ausztriát örökölte.
Ennek ellenére Frigyes seregei igen sikeresek voltak, mint például Neuss ostrománál. Így kényszerítette Merész Károly burgundi herceget arra, hogy hozzáadja lányát, Burgundi Máriát Frigyes fiához, Miksához. Burgundia örökségével a Habsburgok hatalmi túlsúlyba kerültek Európában. Innen ered a mondás, „Míg mások háborúznak, te boldog Ausztria házasodj!”, ami a dinasztia mottójává vált.
Lányának, Ausztriai Kunigundának a házassága IV. Albertbajor herceggel újabb cselszövések és intrikák sorozatának eredménye volt. Albert "illegálisan" jutott hatalmas kiterjedésű hűbérbirtokokhoz a birodalom területén. Így kényszerítette a császárt, hogy adja hozzá Innsbruckban élő lányát és hozományként adja oda az elfoglalt hűbérbirtokokat. Frigyes beleegyezett, ám visszavonta hozzájárulását, amikor Albert elfoglalta Regensburgot. Ám mielőtt Kunigunda megtudhatta volna ezt, 1485. január 2-án megtartották az esküvőt. A háborút már csak a császár fiának, Miksának közvetítése akadályozhatta meg.
Néhány kivétellel Frigyes sikeres uralkodónak mondható. 1469-ben püspökséget alapított Bécsben és Bécsújhelyen, amire hercegi elődeinek hosszú sora sem volt képes a századok folyamán. Hunyadi Mátyás, magyar király (1458-1490) 1485-ben elfoglalja Bécset és az osztrák tartományokat, de a császári címet továbbra is a Habsburg-család őrizte.
János főherceg (1466–1467) csecsemőkorában meghalt.
Utolsó évei
Frigyes életének utolsó éveiben Bécsben és Linzben tartózkodott. 1492-ben még az Aranygyapjas rend lovagjának választották. 1493-ra egészségügyi állapota azonban megromlott. Feltehetően érszűkület következtében a bal lábát amputálni kellett. A műtéten a híres sebész, Hans Seyff is jelen volt, 1493. június 8-án. Az eljárásról készült feljegyzések a középkor egyik leghíresebb és legjobban dokumentált műtéti feljegyzéseinek számítanak. Frigyes ugyan túlélte a beavatkozást, ám augusztus 19-én, életének hetvenhetedik évében, feltehetően a műtét utáni szövődményei következtében, elhunyt. A kortársai a sárgadinnye fogyasztásnak tudták be halálát, mivel a császár rajongott érte.[2] Frigyestől származik az a később ismertté vált intelem, miszerint „Tanulj meg panasz nélkül szenvedni, ez az egyetlen, amire taníthatlak”.[3]
Frigyes sírját Niclas Gerhaert van Leyden építette a bécsi Szent István-székesegyházban. Amputált lábát vele együtt temették el. Díszes sírja csak két évtizeddel halála után, 1513-ra készült el véglegesen. Ma ezt az emlékművel tartják a későközépkor egyik legjelentősebb művészeti alkotásának.
Heraldika
Frigyes címere, mint a rómaiak királya (1440–1493)
Frigyes címere, mint német-római császár (1452–1493)
Frigyes alternatív címere, mint német-római császár (1452–1493)