III. Lipót osztrák herceg és Viridis Visconti milánói hercegnő harmadik fia volt. Apja halála után nagybátyja, III. Albert gyámsága alá került. 1401-ben elkísérte Rupertnémet királytitáliai hadjáratára. Legidősebb bátyja, Vilmos halála után két fivérével, Lipóttal és Frigyessel együtt lépett trónra. Az 1406-os egyezmény értelmében Ernő kapta Stájerországot, Karintiát és Krajnát és Ausztria társhercege lett bátyja, IV. Lipót mellett, aki unokatestvérük V. Albert gyámja is volt. Ennek a gyámviszonynak a felbomlása polgárháborút eredményezett Lipót és Ernő között 1407-ben. A harcok egészen 1409 májusáig tartottak. Lipót 1411-es halála után ő lett a Habsburg család feje (mivel bátyja nem hagyott hátra utódot). Ő volt az utolsó herceg akit a hagyományok szerint koronáztak Karintia hercegévé. Ekkor vette fel a főhercegi címet. Ő volt az első Habsburg aki „törvényesen” viselte ezt a IV. Rudolf által kitalált címet.
Ernő folyamatos harcban állt Luxemburgi Zsigmondnémet királlyal1412-től kezdve. Amikor 1417-ben a császár kiátkozta öccsét, IV. Frigyest, Ernő elsőként lépett fel Frigyes földjeinek birtoklási jogáért. Ám később szövetkezett öccsével és sikeresen megvédték Tirolt a császári előrenyomulástól.