זמן קצר לפני מותו, איוואן הרביעי הרג את בנו איוואן ופיודור נהפך ליורש. הוא התחיל את כהונתו בשנת 1584 בגיל 27. אביו קבע כי הוא מתאים יותר לכנסייה מאשר לניהול המדינה. מאשתו אירינה הייתה לו בת יחידה שנפטרה בגיל 9 חודשים. בתחילת כהונתו הוא היה תחת ההשפעה של אספת האצילים ומאוחר יותר תחת ההשפעה של בוריס גודונוב, אחי אשתו. החל משנת 1587 השליטה במדינה למעשה עברה לבוריס גודונוב. גם נציגי המדינות השכנות היו מודעים למצב וכל ההתייעצויות איתם נערכו אצל בוריס גודונוב. לאחר פטירת פיודור הראשון אשתו אירינה ירשה את השלטון. לאחר 9 ימים היא התפטרה והלכה להיות נזירה במנזר נובודוויצ'י במוסקבה.
בנוסף לפיודור לאיוואן הרביעי היה בן נוסף - הנסיך דמיטרי. הוא נולד בשנת 1582 מאשתו השישית של אביו ובהתאם לחוקי הכנסייה לא היה יכול להיות יורש הצאר. בהתאם להחלטת השלטונות הוא ואימו נשלחו לעיר אוגליץ'. יחד עם זאת לאצולה היו חששות שדמיטרי יכול להפוך להיות מרכז של כל מתנגדי שלטון של פיודור. ב-15 במאי1591 הוא נהרג במהלך משחק ילדים. וועדת החקירה שחקרה את הנושא אכן אישרה שמדובר בתאונה למרות הגרסה שהילד נהרג לפי ההנחיות שהגיעו למוסקבה. קיימת גם גרסה נוספת, שיש לה תומכים עד היום שדמיטרי לא נהרג באותו יום. כך או אחרת, בתקופת הצרות הופיעו מספר גברים שטענו שהם הנסיך דמיטרי האמיתי.
.jpg)
