A la faveur de la Guerre de succession d'Autriche, son frère aîné l'électeur de Bavière Charles-Albert, soutenu par la France, est élu empereur en 1742. La Bavière est envahie par les troupes Autrichiennes. L'empereur Charles VII meurt en 1745 mais son successeur se refuse à briguer la succession impériale.
Jean-Théodore de Bavière jouant du violoncelle à Liège
Sur le plan personnel, il mènera la vie d'un grand seigneur : grand chasseur, épris de musique (il pratiquait le violoncelle) et de théâtre, il tiendra une cour brillante à Liège. Bon vivant, dépensier et aimant les femmes (malgré son statut de cardinal), il saura se faire aimer de la population principautaire.
Asthmatique et tuberculeux, il cède aux conseils de son médecin, le Munichois Steppler, qui prétend que le chauffage de houille est à l'origine de sa maladie. Fuyant les émanations sulfureuses de Liège, il séjournera régulièrement à Munich[1] ce qui ne l'empêchera pas de venir s'éteindre en sa cité de ces mêmes maux.
Joseph Daris, Histoire du diocèse et de la principauté de Liége (1724-1852), t. I, Liège, Ve Verhoven-Debeur, , 442 p. (lire en ligne), « La principauté et le diocèse sous Jean-Théodore de Bavière », p. 137-205
A. de Bryun, Anciennes houillères de la région liégeoises, Liège, Dricot, (ISBN2-87095-056-X)
C. Quoilin, « La politique extérieure liégeoise sous l'épiscopat de Jean-Théodore de Bavière (1744-1763) », Annuaire d'Histoire Liégeoise, t. 33, , p. 39-239
Daniel Jozic (thèse de doctorat en histoire [inédit]), Liège sous la crosse d’un Wittelsbach. Contribution à l’histoire politique et diplomatique de la Principauté de Liège durant les douze premières années du règne de Jean-Théodore de Bavière (1744-1755), Université de Liège, 2006-2007