Le prince Joseph-Clément est orphelin de bonne heure : l'électrice Henriette meurt dès 1676 et l'électeur Ferdinand en 1679. Son frère, Maximilien-Emmanuel de Bavière, devient électeur à l'âge de 19 ans et épouse l'archiduchesse Marie-Antoinette d'Autriche, fille aînée de l'empereur Léopold Ier du Saint-Empire, qui meurt en couches. De leurs trois fils, seul survit le cadet, désigné en 1698 héritier du trône d'Espagne; l'enfant meurt l'année suivante. Les Wittelsbach seront les alliés du roi de France pendant la Guerre de succession d'Espagne.
Cadet d'une Maison régnante, Joseph-Clément était destiné à succéder à son oncle le Prince-Électeurarchevêque de CologneMaximilien-Henri de Bavière et fut nommé coadjuteur dès l'adolescence mais trop jeune à la mort de celui-ci en 1688, le siège fut confié à Jean-Louis d'Elderen, suffisamment âgé pour ne pas occuper trop longtemps cette position prestigieuse dans l'Empire. De fait Jean-Louis d'Elderen mourut après six ans de règne et Joseph-Clément lui succéda à l'âge de 22 ans. Joseph-Clément fut aussi successivement nommé à la tête des diocèses de Ratisbonne, de Freising, de Liège et de Hildesheim.
Joseph Daris, Histoire du Diocèse et de la Principauté de Liége pendant le XVIIe siècle, t. I, Liège, Louis Demarteau, , 399 p. (lire en ligne), « La principauté et le diocèse sous Joseph-Clément de Bavière », p. 241-424