Η επαρχία σχηματίστηκε το 1499, όταν οι Οθωμανοί κατέλαβαν τη Ναύπακτο, το οποίο ήταν κτήμα της Δημοκρατίας της Βενετίας από το 1407. Μεγάλο μέρος της επικράτειας που παραχωρήθηκε στη νέα επαρχία, ωστόσο, ήταν ήδη υπό οθωμανικό έλεγχο, υπό το Σαντζάκι των Τρικάλων.
Στις 7 Οκτωβρίου 1571, η περίφημη Ναυμαχία της Ναυπάκτου μεταξύ των στόλων της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και του Ιερού Συνδέσμου διεξήχθη στα ανοικτά των ακτών της πόλης της Ναυπάκτου. Οι Ενετοί ανακατέλαβαν την πόλη το 1687, κατά τη διάρκεια του Πολέμου του Μοριά, αλλά την παρέδωσαν στον τουρκικό έλεγχο το 1699, μετά τη Συνθήκη του Κάρλοβιτς. Αν και το μεγαλύτερο μέρος της επαρχίας ξεσηκώθηκε με το ξέσπασμα του Ελληνικού Πολέμου της Ανεξαρτησίας το 1821, η πρωτεύουσα της Ναυπάκτου παρέμεινε στα χέρια των Οθωμανών μέχρι τις 12 Μαρτίου 1829, όταν τέθηκε υπό τον ελληνικό έλεγχο.
Αρχικά, το σαντζάκι αποτελούσε τμήμα του Εγιαλέτι της Ρούμελης, αλλά μετά το 1533 υπήχθη στο νέο Εγιαλέτι του Αρχιπελάγους.[2]Σύμφωνα με τον γεωγράφο του 17ου αιώνα Χατζί Χαλίφα, η επαρχία περιελάμβανε έξι καζάδες ("περιοχές"): την Ναύπακτο, το Καραβάρι (Κράβαρα), το Αμπουκόρ (Απόκουρος), το Ολεντιρέκ/Ολουντουρούκ (Λιδωρίκι), το Γκιολχισάρ (Πιθανώς Λιμνοχώρι) και Κερμπενές (Καρπενήσι).[3][4]
Πηγές των αρχών του 19ου αιώνα αναφέρουν ότι το σαντζάκι εκείνη την εποχή αποτελούσε τμήμα της Εγιαλέτι του Μοριά και περιλάμβανε και πάλι έξι καζάδες: Ναύπακτο, Απόκουρο, Λιδωρίκι, Λιμνοχώρι, Καρπενήσι και Υπάτη.[5]
↑Birken, Andreas (1976). Die Provinzen des Osmanischen Reiches [The Provinces of the Ottoman Empire]. Beihefte zum Tübinger Atlas des Vorderen Orients, 13 (στα Γερμανικά). Reichert. σελίδες 53, 103. ISBN3-920153-56-1.