矢島藩（日语：矢島藩／やしまはん Yashima-han */?）是位於日本出羽國由利郡（日语：由利郡）矢島（現秋田縣由利本莊市矢島町矢島町）的藩[1][2][3]，成立於寬永17年7月26日（1640年9月11日），藩廳是矢島城[4]，大名家是外樣大名生駒氏（日语：生駒氏），高峰期石高達一萬五千零二百石[5]，萬治2年9月23日（1659年11月7日）由於分知（日语：分知）而一度廢藩[6]，經過交代寄合時期[7]，最終在明治元年11月20日（1869年1月2日）於戊辰戰爭中有功而再度立藩，明治4年7月14日（1871年8月29日）廢藩置縣，藩校（日语：藩校）最初稱作日新堂，重新立藩後改稱矢島藩學校[8]。人口方面，天保5年（1834年）時是2,354戶12,479人，安政5年（1858年）時是14,250人[6]。
江戶藩邸（日语：江戸藩邸）方面，上屋敷設於下谷竹町（現東京都台東區台東二至四丁目），其後作為代地（日语：代地）在元祿10年12月8日（1698年1月19日）於駒込（現東京都豐島區駒込、文京區本駒込或千駄木一帶）興建下屋敷，翌年12月3日（1699年1月3日）相對替（日语：相対替）至本所源森橋（現東京都墨田區向島一丁目至吾妻橋二至三丁目一帶），文政5年12月19日（1823年1月30日）相對替至本所林町三丁目（現墨田區立川二丁目一帶），萬延元年12月10日（1861年1月20日）相對替至本所中之鄉竹町（現墨田區吾妻橋一丁目和東駒形一丁目一帶）[9][10][11][6]。
寬永17年7月26日（1640年9月11日），讚岐高松藩主生駒高俊（日语：生駒高俊）由於生駒騒動（日语：生駒騒動）而被改易，不過江戶幕府念在生駒氏為名門望族，因此作為生活費下賜出羽矢島一萬石予高俊，矢島一萬石分別是仁賀保良俊的六千石舊領（仁賀保鄉）、打越光久（日语：打越光久）的三千石舊領（前鄉、川內鄉、笹子鄉和直根鄉）以及本多正純的一千石舊領（大澤鄉）[1][12][13]。
正保2年（1645年），本莊藩主六鄉政乘（日语：六郷政乗）獲幕府批准進行替地（日语：替地），政乘以向鄉、玉米鄉和下村鄉的十六村換取矢島藩仁賀保鄉的十六村作為領地，變為本莊藩領的十六村分別是鹽越村、赤石村、金浦村、飛村、黑川村、三森村的一半、前川村、大竹村、中野村、三十野村、樋口村、立井地村、三日市村、中村村、百目木村以及伊勢居地村的一半，變為矢島藩領的十六村則是平生森村、坂之下村、新庄村、八杉村（八ツ杉村）、指鍋村、木在村、小坂村、杉澤村、鄉內村之內、新輪村、川內村、上里村、中里村、下里村和法內村。萬治2年9月23日（1659年11月7日），高俊死後進行分知（日语：分知），由嫡子生駒高清（日语：生駒高清）繼任，其弟俊明則繼承二千石領地，包括仁賀保鄉的伊勢居地村、寺田村、畑村、橫岡村、本鄉村之內、玉米鄉的川內村以及新輪村之內[13]。自此兩家成為定府（日语：定府）旗本，八千石宗家更是相當於一萬石大名的交代寄合表御禮眾，獲准進入柳間[5]。
明和5年8月7日（1768年9月17日），生駒親賢（日语：生駒親賢）致仕後，由其養子生駒親睦（日语：生駒親睦）（駿河田中藩主本多正矩（日语：本多正矩）七男）繼位，安永9年7月1日（1780年8月1日）首次獲准前往領地，自此開始參勤交代。文化14年6月11日（1817年7月24日），生駒親章（日语：生駒親章）死去後，由其養子生駒親孝（日语：生駒親孝）（陸奧二本松藩主丹羽長貴（日语：丹羽長貴）三男）繼位。文政13年11月28日（1831年1月11日），親孝去後，由其養子生駒親愛（日语：生駒親愛）（豐前中津藩主奧平昌高（日语：奥平昌高）六男）繼位[6]，天保2年（1831年）時以大澤鄉的大澤鄉宿村、大澤鄉寺村、寺館尻引村和本賣澤村換取幕府領上仁賀保鄉的大飯鄉村、長岡村、小瀧村、橫山新田村、關村、中之澤村、洗釜村、大砂川村和川袋村[13]，天保10年5月24日（1839年7月4日）死去後，由其弟生駒親道（日语：生駒親道）作為末期養子而繼任[6]。
戊辰戰爭爆發後，生駒親敬（日语：生駒親敬）最初參加了奧羽列藩同盟，不過後來倒戈至奧羽鎮撫總督府（日语：奥羽鎮撫総督府），作為先鋒與庄內藩開戰，卻遭到反擊，導致矢島陣屋失守。明治元年11月20日（1869年1月2日），親敬獲加增至一萬五千二百石，矢島藩再次成立，翌年6月再獲賜賞典祿（日语：賞典禄）一千石，分家生駒俊德（生駒甸之助）也獲賜五百石，其後廢藩置縣[14]。
矢島藩的領地如下，基於相給，領地也有可能同時是皇室領（日语：皇室財産）、公家領（日语：公家領）、幕府領、其他藩領、旗本領或寺社領（日语：寺社領）。