Aktivno je učestvovao u pripremama za proglašenje NDH. Jedan je od petorice potpisnika izjave od 30. marta 1941. kojom se zahteva nemačka pomoć u uspsotavljanju samostalne hrvatske države. Nakon formiranja Nezavisne Države Hrvatske, Pavelić ga 9. juna1941. imenuje za ministra spoljnih poslova.
U aprilu 1943. bio je umešan u aferu oko krijumčarenja zlata, zbog koje je šef njegovog kabineta Ivo Kolak osuđen na smrt. Dana 28. aprila razrešen je dužnosti ministra spoljnih poslova. Imenovan je za državnog ministra bez resora, zadužen za poslove sa nemačkom vojskom.
Godine 1944. je uhapšen i zatvoren u logor Lepoglavu pod optužbom da je učestvovao u zaveri gde je trebalo da se ustaške snage okrenu Saveznicima.
Krajem aprila 1945. godine Lorković je ubijen zatvoru Lepoglava.
Izvori
Pavlowitch, Stevan K. Hitler's new disorder: the Second World War in Yugoslavia. Columbia University Press, 2008. Print, p. 246
Tomasevich, Jozo War and revolution in Yugoslavia, 1941-1945: occupation and collaboration Stanford University Press, 2001. Print, p. 37