Od 1945 pracownik naukowo-dydaktyczny Uniwersytetu Poznańskiego, był m.in. kierownikiem Katedry Prawa Międzynarodowego Publicznego (1950–1968), prodziekanem (1950–1952) i dziekanem (1952–1955) Wydziału Prawa, rektorem (1956–1962), kierownikiem Instytutu Nauk Prawno-Ustrojowych (1968–1978).
Współzałożyciel Instytutu Zachodniego, członek Polskiego Instytutu Spraw Międzynarodowych. Autor wielu publikacji z dziedziny prawa międzynarodowego publicznego, m.in. Problematyka indywidualnych odszkodowań wojennych w związku z II wojną światową (Poznań 1991). Wśród wypromowanych przez niego doktorów był m.in. Jan Kulczyk[4].
W 2004 ukazała się książka Tadeusza Gadkowskiego i Jerzego Tyranowskiego w serii: „Magistri Nostri. Profesorowie Wydziału Prawa Poznańskiego Uniwersytetu” Alfons Klafkowski – prawnik internacjonalista poświęcona pamięci profesora.
W pamięci uczniów i współpracowników Profesor pozostaje i pozostanie jako szczególnie życzliwy opiekun i przełożony, jako wybitny uczony o niezwykle bogatym dorobku naukowym, jako współtwórca poznańskiej szkoły badań niemcoznawczych. W pamięci całego środowiska uniwersyteckiego pozostanie prof. Alfons Klafkowski jako dynamiczny i skuteczny w swoich działaniach rektor i dziekan, który nie unikał odpowiedzialności za swoje często kontrowersyjne decyzje, którym zawsze jednak przyświecało dobro Uniwersytetu; w pamięci potomnych – jako wzór uczonego w służbie narodu i państwa.