L'edizione 1999-2000 è stata la trentatreesima edizione del campionato italiano di Serie A femminile di calcio.
La Torres FO.S. ha conquistato lo scudetto per la seconda volta nella sua storia. Sono retrocessi in Serie B il Torino, l'Attilia Nuoro e il Verona. Il titolo di capocannoniere della Serie A è andato a Patrizia Panico, calciatrice della Ruco Line Lazio, autrice di 41 gol.
Al termine del campionato il Bologna ha rinunciato a iscriversi all'edizione successiva della Serie A e il Torino è stato riammesso.
Al termine stagione 1998-1999 il Modena, il Lugo e il Fiammamonza sono stati retrocessi in Serie B. Al loro posto sono stati promossi il Tradate Abbiate, il Foroni e l'Attilia Nuoro, vincitori dei play-off promozione della Serie B 1998-1999.
Le 16 squadre partecipanti si affrontano in un girone all'italiana con partite di andata e ritorno per un totale di 30 giornate. Le ultime tre classificate retrocedono in Serie B.
Legenda:
Note: