L'edizione 1998-1999 è stata la trentaduesima edizione del campionato italiano di Serie A femminile di calcio.
Il Milan ha conquistato lo scudetto per la quarta volta nella sua storia. Sono retrocessi in Serie B il Modena, il Lugo Zambelli e la Fiammamonza. Il titolo di capocannoniere della Serie A è andato a Patrizia Panico, calciatrice della Lazio CF, autrice di 51 gol.
Al termine stagione 1997-1998 il Riva del Garda, lo Sporting Segrate 92 e lo Sporting Sorrento Crems sono stati retrocessi in Serie B. Al loro posto sono stati promossi il G.E.A.S., il Bologna CF e il Gravina Catania, vincitori dei tre gironi della Serie B 1997-1998. Il Verona C.F. è stato riammesso al posto del Cascine Vica.
Le 16 squadre partecipanti si affrontano in un girone all'italiana con partite di andata e ritorno per un totale di 30 giornate. Le ultime tre classificate retrocedono in Serie B.
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