Edzőként dolgozott a Rapid Wien (2001. szeptember 6. – 2002. május 10.), majd a Partizan Beograd (2002. december 22. – 2003. december 13.). csapatánál. A Beograd után a magyar válogatottat vette át (2004. január 1.), majd mivel szerződését nem hosszabbította meg a magyar szövetség, 2005. december 31-én lejárt. 2006-ban két hónapig a brazil Clube Atlético Paranaense-nál edzősködött. 2006. június 1-jén visszatért az osztrák bajnokságba, ahol a Red Bull Salzburg edzője lett. Itt Giovanni Trapattoni kezei alatt dolgozhat, Matthäus korábbi mestere ugyanis a Red Bull szakmai igazgatója.
Edzői munkája megosztja futballrajongókat és szakértőket. Sok kritika érte amiatt is, hogy a magyar válogatott szövetségi kapitányaként csak mintegy 60 napot töltött 2005-ben munkával. Az eredmények is elmaradtak, ígéretével szemben a csapat nem jutott ki a 2006-os németországi vb-re, de még így is jobban szerepelt a csapat mint a korábbi selejtezősorozatban. Sikeresen működött közre néhány nagy csapat elleni barátságos meccs megszervezésében, illetve ezeken a válogatott elért kiugró eredményeket is. Sok magyar játékosnak segített külföldre szerződni. Ezzel kapcsolatban viszont sokan kritizálták, hogy elsősorban a vele szoros gazdasági kapcsolatban álló menedzserek játékosait juttatta a válogatottban lehetőséghez, játéktudásuktól függetlenül. Erre utal, hogy soha nem látott számú fiatal kapott játéklehetőséget a válogatott meccseken, azonban az általa felfedezett több játékos a későbbiekben alapemberré vált a következő válogatottakban, illetve ért el sikereket külföldön. Matthäus nagyívű nyilatkozataival és elszólásaival, alkalmankénti cikkeivel kedvelt témája volt a magyar és a brazil sajtónak is. A szurkolók többségében szerették, illetve a magasabb elvárások miatt sokkal több kritika is érte, azonban az őt szakmailag kritizálók által szorgalmazott váltás nem igazolódott be, hiszen a következő EB selejtező sorozatban katasztrofális vereségek érték a válogatottat, Matthäus teljesítményét jócskán alulmúlva.
2009 nyarán nem fogadta el az FC Fehérvár 2+1 éves szerződésajánlatát.[2] 2010-ben megbízták a bolgár labdarúgó-válogatott irányításával, ám a nemzeti csapat sikertelensége miatt 2011 szeptemberében közös megegyezéssel szerződést bontottak.
Magánélete
Matthäusnak négy gyermeke van: két lánya első házasságából Sylviával (1981–1992) és egy fia a másodikból Lolita Morenával (1994–1999). 2003 és 2007 között a szerb származású Marijana Kosztics volt a felesége, majd 2009. január 1-jén Las Vegasban elvette a 26 évvel fiatalabb, ukrán származású Krisztina Liliána Csudinovát, aki a negyedik felesége lett. A kapcsolatuk azonban csupán egy év elteltével megromlott. Ezt követően egy ideig a lengyel Joanna Tuczynska volt a barátnője. Jelenlegi, egyben ötödik felesége az orosz Anastasia Klimko, aki 2014 áprilisában hozta világra fiukat, Milánt.[3] Házasságkötésükre 2014. november 15-én került sor a magyar határhoz közeli, szlovákiai Bélán.
.svg){kind=small}
_deutscher_Fu%C3%9Fballspieler.png){kind=small}
