1898-tól a Központi Statisztikai Hivatal munkatársa. Részt vett az 1900-as és az 1910-es népszámlálások lebonyolításában, az anyag kiadásában, szerkesztésében, elemzésében. Az I. világháború utáni összeomlást követően részt vállalt a béketárgyalások előkészítésében, sőt a Magyar Békeküldöttség szakértőjeként részt is vett a tárgyalásokon Neuillyben. Az 1920-as népszámlálást Kovács Alajos irányításával folytatták le. Ugyanebben az évben a Magyar Tudományos Akadémia levelező tagjává választotta. Székfoglaló előadását „Népünk nyelvismerete” címmel tartotta. Több nemzeti statisztikai társaság (mexikói, finn) tiszteletbeli tagjává választotta.
1923-ban a Népszövetség egészségügyi osztályának tanfolyamára Genfbe küldték. 1924-ben a Hivatal aligazgatójának nevezték ki, majd Szabóky Alajos távozása után helyettes államtitkári ranggal a Hivatal igazgatója lett. 1926-ban a Ferenc József Tudományegyetem tiszteletbeli doktorává avatta. Ebben az évben választották a Nemzetközi Statisztikai Intézet rendes tagjává. A két világháború között a névmagyarosítás egyik élharcosa volt.
1930 októberében a kormányzótól megkapta a Corvin-koszorút. 1936-ig állt a KSH élén. Nyugdíjazásakor államtitkári címet kapott. Munkássága főként a demográfia területére terjedt ki. 1938-ban a bécsi döntéseknél az Imrédy-kormány statisztikai szakértője. Ő készítette elő az zsidótörvények statisztikai megalapozását. Szélsőjobboldali politikai tevékenysége miatt a népbíróság 1948-ban öt év börtönbüntetésre és teljes vagyonelkobzásra ítélte. Büntetését később két évre mérsékelték, 1950 áprilisában szabadult. Utolsó éveiben teljes visszavonultságban élt.
Rózsa Dávid: „Nem helyeseltem a szörnyű embertelenségeket...” Kovács Alajos 1948-as levele az Akadémiához. In Az olvasás pártfogója. Írások Nemes Erzsébet tiszteletére. Szerk.: Fülöp Ágnes – Lencsés Ákos – Rózsa Dávid. Magyar Könyvtárosok Egyesülete, Budapest, 2012. 117–121. o.