A Magyar Királyi Erzsébet Tudományegyetem 1912-ben alapított egykori egyetem Pozsonyban, majd 1923-tól kezdve Pécsett, melynek jogutóda a Pécsi Tudományegyetem. Az egyetemnek olyan híres tanárai voltak, mint az orvosi és élettani Nobel-díjjal kitüntetett Szent-Györgyi Albert, vagy Heim Pál magyar gyermekgyógyász.[1] Pozsony első egyeteme az I. Mátyás király és Vitéz János esztergomi érsek által 1465-ben alapított Academia Istropolitana volt, amely Mátyás halála után megszűnt.
Az intézményt Pozsonyban 1912-ben állították fel, s még az év végén – I. Ferenc József engedélyével – felvehette a magyarok között népszerű Erzsébet királyné nevét.[2] Eredetileg négy kart kívántak felállítani: jog- és államtudományi; orvostudományi; bölcsészet-, nyelv- és történettudományi; mennyiségtani, természettudományi és mezőgazdasági kart.[3] Az első három 1914 és 1918 között kezdte meg működését, a negyedik felállítására Pozsony cseh megszállása miatt már nem jutott idő. 1919 szeptemberében az egyetem összes tulajdonát birtokba vették a csehszlovák állami egyetem céljaira.
Az egyetem tanárainak és hallgatóinak egy része Budapestre települt, ahol a kolozsvári egyetem menekültjeivel 1920-ban és 1921-ben újraindították a fakultások működését. A két egyetem sorsát végül az 1921. évi XXV. törvénycikk rendezte oly módon, hogy a pozsonyi egyetem Pécsre, a kolozsvári pedig Szegedre került. A döntés idején Pécs még szerb megszállás alatt állt, ezért a költözködéssel várni kellett. Az 1923/24-es tanévben, Nagy József rektorsága idején véglegesen rendeződött az egyetem elhelyezése. A Pozsonyból áttelepült Erzsébet Tudományegyetem 1923. október 15-én Pécsett ünnepélyes megnyitóval kezdte meg működését.[4] A pécsi egyetemen rangos oktató- és kutatómunka folyt. 1923 és 1950 között az egyetem karaként, de Sopronban működött a magyarországi evangélikus lelkészképzés addigra egyetlen intézménye Evangélikus Hittudományi Kar néven – ma Evangélikus Hittudományi Egyetem néven Budapesten működik.[5]
A második világháborút követően, 1948-ban a vallás- és közoktatásügyi miniszter utasítására az egyetem új neve Pécsi Tudományegyetem lett. 1950-ben az egészségügyi tárcához került az orvosképzés, illetőleg a klinikák és intézetek irányítása, hogy 1951-ben megalakuljon a Pécsi Orvostudományi Egyetem. Az átcsoportosítás miatt egyetlen fakultás maradt meg, az Állam- és Jogtudomány Kar. 1975-ben megalakult a Közgazdaságtudományi Kar. 1982. január 1-jétől Janus Pannonius Tudományegyetem lett az intézmény új neve, amelynek négy karból álló szervezete 1991-ben alakult ki.