תחנת הרכבת נפתחה בשנת 2000 כחלק מקו הרכבת תל אביב – ראש העין. בחודשים הראשונים להפעלתה הופעלה התחנה ממבנה זמני כשרציף אחד בלבד משמש אותה. במרץ2001 הוכנסו לשימוש מבנה ורציף קבועים לתחנה ובקיץ 2002 החלו עבודות לבניית רציף חדש בתחנה, שהסתיימו לקראת סוף השנה. בעלי קרקע חקלאית באזור התחנה הגישו עתירה לבג"ץ נגד הוועדה המחוזית לתכנון ולבנייה מחוז מרכז, הוועדה המקומית לתכנון ולבנייה בפתח תקווה ורשות הנמלים והרכבות, בטענה שנבנתה ללא תוכנית מתאר מאושרת, ללא הסדרה תחבורתית, ותוך הפרת זכויותיהם של בעלי הקרקע במקום[1].
מיקומה של התחנה בעייתי מאוד ונמתחו עליו ביקורות רבות: היא מצויה במרחק ניכר מכל שכונות העיר ואין אליה גישה אף לא מאזור התעשייה סגולה ומכפר אברהם הסמוכים יחסית. התחנה הוקמה בצמוד למתחם מסחרי, שבית המשפט המחוזי מרכז הורה לפנותו עד 1 בינואר 2019, בשל הקמתו ללא היתר על קרקע חקלאית[2]. אל התחנה כמעט ולא ניתן להגיע רגלית מאחר שלא הוכשרו שבילים ומדרכות המגיעים לאזור. כל אלו הביאו לתנועת נוסעים דלילה יחסית[3].
ב-2017, נדחתה עתירה להיתר לשימוש חורג בפאוור סנטר במתחם ירקונים הצמוד לתחנה, שנבנה ללא היתר בנייה. בתגובה הודיע בעל המתחם עמוס לוזון, כי ביום שבו ייסגר הפאוור סנטר, בכוונתו לחסום את דרכי הגישה לתחנה העוברים בשטחו[4]. בינואר 2019 נסגר הפאוור סנטר[5], וביוני 2019 אכן נחסם החניון לנוסעי הרכבת[6]. בספטמבר 2019 נפתח כביש הגישה החדש לתחנה[7].
ב-25 בדצמבר 2021 החל לפעול בתחנה קו נוסעים חשמלי מהרצליה לאשקלון במקום קו הנוסעים שפעל מהרצליה ועד באר שבע מרכז דרך קו הנגב המערבי[9].
מבנה התחנה
לתחנת סגולה שני רציפי צד ושתי מסילות המשרתות אותם.
שירות הרכבות בתחנה
תחנה זו משמשת כתחנה ביניים בקו אשקלון - הרצליה. בשעות השיא עוצרות בתחנה ארבע רכבות בשעה לכל כיוון; ארבע לכיוון הרצליה, שתיים לאשקלון, אחת לאשדוד עד הלום ואחת לראשון לציון משה דיין. בשעות השפל עוצרות בתחנה שתי רכבות בשעה בכל כיוון.
