באפריל 2000 ערך ואן דר וארט את הופעת הבכורה שלו החל בקבוצה הבוגרת של אייאקס, במשחק מול דן בוס, שהייתה הופעתו היחידה בעונת 1999/00 בקבוצה זו. ואן דר וארט זכה לשבחים על הופעתו, וכאחד שנחשב לעילוי כבר כילד, כבר זכה להשוואות רבות ליוהאן קרויף בסגנון המשחק שלו. ואן דר וארט הפך לשחקן חשוב בקבוצה כבר בעונת 2000/01. בעונה זו, ואן דר וארט ערך 27 הופעות ליגה בהן הבקיע שבעה שערים, וסיים עם אייאקס במקום השלישי בליגת העל ההולנדית. עם זאת, ואן דר וארט ואייאקס הודחו מגביע אופ"א בשלב השני על ידי לוזאן ספורט. בשלב הראשון, אותו אייאקס עברה, הבקיע ואן דר וארט שער אחד בכל אחד משני המשחקים מול גנט, שהסתיימו בתוצאות 6-0 ו-3-0 לאייאקס. שערים אלו היו שערי הבכורה של ואן דר וארט במפעלים האירופיים.
בעונת 2001/02 ואן דר וארט ערך 20 הופעות בלבד מאחר שנפצע פעמיים בברכו, אך הבקיע בהן 14 שערים, והיה חלק משמעותי בזכייתה של אייאקס בדאבל. בעונת 2002/03 ואן דר וארט ואייאקס סיימו במקום השני בליגה, כשהפעם הוא מבקיע 18 שערי ליגה. בליגת האלופות ואן דר וארט זכה לערוך באותה עונה את הבכורה שלו, לאחר שבעונה הקודמת הודחה הקבוצה במוקדמות על ידי סלטיק וכשלה גם בגביע אופ"א. ואן דר וארט הבקיע שני שערים בשלב הבתים, וסייע לאייאקס להעפיל לשמינית הגמר מהמקום השני בבית. ואן דר וארט ואייאקס הצליחו לעבור גם את שלב הבתים השני, אותו סיימו ללא הפסד, ועם חמש תוצאות תיקו וניצחון אחד, ונעצרו ברבע הגמר מול מילאן, רק לאחר שער בדקה ה-90 של יון דאל תומאסון במשחק הגומלין, שהעניק למילאן ניצחון ביתי 3-2 לאחר 0-0 באמסטרדם ארנה. בעונת 2003/04 ואן דר וארט ואייאקס זכו שוב באליפות. ואן דר וארט הבקיע שבעה שערי ליגה בעונה זו, לאחר שפתח אותה בצורה חלשה, ועם ביקורות כלפיו על עודף משקל ועל סגנון חיים לא ספורטיבי. בליגת האלופות נחלו ואן דר וארט ואייאקס כישלון בעונה זו, כשסיימו את שלב הבתים במקום האחרון. עונת 2004/05 הייתה האחרונה של ואן דר וארט באייאקס. בעונה זו, הבקיע ואן דר וארט שישה שערי ליגה, וסיים עם הקבוצה במקום השני. בליגת האלופות סיימה הקבוצה במקום השלישי בשלב הבתים, כשואן דר וארט מבקיע שער אחד בשלב זה, בניצחון 3-0 על מכבי תל אביב. הקבוצה נשרה לגביע אופ"א, ממנו הודחה אחרי סיבוב אחד על ידי אוקזר. יצוין כי בתחילת העונה, נפצע ואן דר וארט במשחק בינלאומי של נבחרת הולנד מול שוודיה על ידי חברו לאייאקס, זלאטן איברהימוביץ', שנטען כלפיו כי פצע את ואן דר וארט בכוונה. דבר זה הוביל למכירתו של איברהימוביץ' ליובנטוס כעבור שבועיים.
ואן דר וארט מונה לקפטן הקבוצה על ידי המאמן רונאלד קומאן, והוסב לתפקיד החלוץ במקומו של זלאטן, במקום תפקידו הקודם כשחקן כנף. ואן דר וארט לא הסתיר את אי שביעות רצונו מהשינוי, ודבר זה הוביל לשלילת סרט הקפטן ממנו על ידי קומאן, ובסופו של דבר לעזיבתו את הקבוצה להמבורג.
קדנציה ראשונה בהמבורג
לאחר תום חוזהו באייאקס אמסטרדם, הפתיע ואן דר וארט כשעבר לשחק בהמבורג מהבונדסליגה, על אף הצעות ממועדוני ענק באירופה כמו מילאן. יוהאן קרויף אף צוטט כשאמר שלא ברור לו מה ואן דר וארט עושה בהמבורג. דמי ההעברה ששילמה המבורג עבורו היו 5.5 מיליון אירו. ואן דר וארט החל את הקריירה שלו היטב בהמבורג, והשיג עם הקבוצה רצף של שנה וחצי בו המבורג לא הפסידה בחוץ כשהוא היה על המגרש. את שער הבכורה במועדון הבקיע ואן דר וארט באוגוסט 2005 במשחק האינטרטוטו מול סיגמה אולומוץ. ואן דר וארט והמבורג העפילו לגביע אופ"א דרך האינטרטוטו. בסיבוב הראשון בגביע אופ"א הבקיע ואן דר וארט שער אחד בכל אחד משני המשחקים מול פ.צ. קופנהגן וסייע לקבוצתו להעפיל לשלב הבתים, שבו הבקיע שני שערים נוספים. ואן דר וארט והמבורג סיימו את דרכם בגביע אופ"א של עונת 2005/06 בשמינית הגמר לאחר שהודחו על ידי ראפיד בוקרשט. בבונדסליגה סיימו ואן דר וארט והמבורג במקום השלישי, כשהחלוץ מבקיע תשעה שערים. בתחילת עונת 2006/07 מונה ואן דר וארט כקפטן הקבוצה. ואן דר וארט והמבורג הודחו מליגת האלופות כבר אחרי סיבוב אחד, כשסיימו אחרונים בשלב הבתים, בו הבקיע ואן דר וארט שלושה שערים, עם שלוש נקודות בלבד. גם בבונדסליגה לא נחלו ואן דר וארט והקבוצה הצלחה, ואף היו בשלבים רבים במהלך העונה בתחתית הטבלה, כשהחלוץ נעדר לעיתים קרובות בגלל פציעות. עם הגעתו של הוב סטיבנס לאימון הקבוצה, המבורג השיגה רצף תוצאות טובות וסיימה את העונה במקום השביעי. ואן דר וארט הבקיע שמונה שערי ליגה בעונה זו. בעונת 2007/08 ואן דר וארט רשם עונת שיא בבונדסליגה בה הבקיע 12 שערים, וסיים עם הקבוצה במקום הרביעי, שהקנה לקבוצה מקום בליגת האלופות בעונה העוקבת. בגביע אופ"א, אליו העפילה המבורג שוב דרך האינטרטוטו, הודחו ואן דר וארט והמבורג בשמינית הגמר על ידי באייר לברקוזן. ואן דר וארט תרם חמישה שערים במפעלים האירופיים בעונת 2007/08. כעבור שלוש עונות בהמבורג, חתם בקבוצת ריאל מדריד.
ריאל מדריד
באוגוסט 2008 נמכר ואן דר וארט מהמבורג לריאל מדריד תמורת 13 מיליון אירו. באוגוסט 2008 ערך ואן דר וארט את הבכורה שלו בקבוצה, בהפסד 3-2 לולנסיה במשחק הסופר קאפ הספרדי. במשחק הגומלין, הורחק ואן דר וארט בכרטיס אדום כבר בדקה ה-39, ועל אף שגם חברו רוד ואן ניסטלרוי הורחק במשחק זה, הצליחה ריאל מדריד למחוק את הפיגור מהמשחק הראשון, לנצח 4-2 ולזכות בתואר. את הופעת הבכורה שלו בלה ליגה ערך ואן דר וארט בניצחון 4-3 על נומנסיה. באותו חודש הבקיע את השלושער הראשון בקריירה שלו, בניצחון 7-1 על ספורטינג חיחון. עם זאת, ואן דר וארט לא נהנה מעונה טובה בריאל מדריד, והבקיע בסך הכל חמישה שערי ליגה בעונת 2008/09, אותה סיימה ריאל מדריד במקום השני. יתרה מכך, ואן דר וארט בעיקר שימש שחקן מחליף תחת המאמן חואנדה ראמוס, דבר שהביא לשמועות על יחסים עכורים ביניהם ועל רצונו של ואן דר וארט לעבור קבוצה, דבר שלא קרה לבסוף. גם בליגת האלופות ואן דר וארט וריאל מדריד לא ליקקו דבש. החלוץ לא הבקיע ולו שער אחד, והקבוצה הודחה בשמינית הגמר על ידי ליברפול, לאחר הפסדים 1-0 ו-4-0. עם זאת, בסוף 2008 היה ואן דר וארט מועמד לתואר כדור הזהב, אך הפרס ניתן לבסוף לכריסטיאנו רונאלדו. לקראת עונת 2009/10 שוב נדמה היה כי ואן דר וארט בדרך החוצה מריאל מדריד, שכן המאמן החדש מנואל פלגריני לא היה מעוניין בו, אך דווקא עזיבתם של חבריו לנבחרת הולנד, קלאס יאן הונטלאר ואריין רובן, סייעה לו לקבל החלטה להישאר בקבוצה, שכן הסגל הצטמצם והוא ראה עצמו משחק דקות רבות יותר. פציעתו של קאקה סייעה לכך אף יותר, והחלוץ סיים את העונה עם שישה שערי ליגה, אך ריאל מדריד שוב סיימה במקום השני. בליגת האלופות, שוב הודחו ואן דר וארט וריאל מדריד בשמינית הגמר, הפעם על ידי ליון.
טוטנהאם הוטספר
לאחר שנתיים ששיחק בריאל מדריד, נמכר ואן דר וארט בקיץ 2010 לטוטנהאם הוטספר ב-11 מיליון אירו. ואן דר וארט ערך את הבכורה בקבוצה בספטמבר 2010, בתיקו 1-1 מול וסט ברומיץ' אלביון בפרמייר ליג. כעבור שלושה ימים ערך ואן דר וארט את הבכורה בליגת האלופות במדי טוטנהאם, בתיקו 2-2 מול ורדר ברמן בשלב הבתים. ואן דר וארט בישל שער במשחק זה לפיטר קראוץ'. את שער הבכורה בפרמייר ליג הבקיע ואן דר וארט בניצחון 3-1 על וולברהמפטון וונדררס, ובסך הכל הבקיע שלושה שערים בארבעת משחקי הליגה הראשונים בעונת 2010/11. פציעה בשרירי מיתר הברך השביתה את ואן דר וארט לחודשיים, והוא חזר בדצמבר 2010, למשחק מול אסטון וילה, בו הבקיע צמד וטוטנהאם ניצחה 2-1. ואן דר וארט הבקיע בשלהי העונה מספר שערים חשובים, ובסך הכל 13 שערים ובישל תשעה. טוטנהאם סיימה את עונת 2010/11 במקום החמישי בליגה לאחר סיום עונה מרשים. בליגת האלופות ואן דר וארט ואינטר הגיעו לרבע הגמר, שם הודחו על ידי ריאל מדריד. את עונת 2011/12 פתח ואן דר וארט היטב, ואף השיג רצף הבקעות של שישה שערים בחמישה משחקים. במרץ 2012 נכח ואן דר וארט על המגרש במשחק גביע ה-FA מול בולטון וונדררס, בו פבריס מואמבה מבולטון קרס לאחר שעבר דום לב, ממנו התאושש אחר כך. ואן דר וארט היה עד לקריסה ותיאר זאת כרגע הנמוך ביותר בקריירה שלו ככדורגלן. עד לסיום עונת 2011/12 הבקיע ואן דר וארט 11 שערי ליגה וסיים עם הקבוצה במקום הרביעי, שהיה אמור להספיק לטוטנהאם למקום בליגת האלופות בעונה העוקבת, אך זכייתה של צ'לסי בליגת האלופות בעונה זו, הקנתה לה את הכרטיס על חשבון ואן דר וארט וטוטנהאם. במפעל הליגה האירופית, נחלו באותה עונה ואן דר וארט וטוטנהאם אכזבה, כשלא צלחו את שלב הבתים על אף שצברו עשר נקודות. בקיץ 2012 החלו ספקולציות בנוגע לעתידו של ואן דר וארט בטוטנהאם. השחקן הביע את רצונו להישאר בקבוצה, אך העובדה שהצטרפו אליה גילפי סיגורדסון, קלינט דמפסי ומוסא דמבלה יצרה עומס בעמדת ההתקפה, דבר שגרם לואן דר וארט להבין שמעמדו בקבוצה ירד, והפרידה נראתה בלתי נמנעת. ואן דר וארט שיחק שני מחזורי ליגה בטוטנהאם בתחילת עונת 2012/13, אך לקראת תום חלון ההעברות, באוגוסט 2012, חתם ואן דר וארט בקבוצה בה כבר הצליח בעבר, המבורג.
קדנציה שנייה בהמבורג
באוגוסט 2012 חתם ואן דר וארט בשורות המבורג מליגת העל הגרמנית לשלוש שנים. ואן דר וארט מונה מיד כסגן הקפטן של הקבוצה, בה שיתף פעולה עם הקאן צ'להאנולו, פייר מישל לאזוגה ומרסל ינסן. את הבכורה המחודשת במועדון ערך ואן דר וארט בספטמבר 2012 במשחק מול איינטרכט פרנקפורט, בו הפסידה הקבוצה 3-2. באותו חודש, בישל ואן דר וארט שני שערים בניצחון 3-2 על בורוסיה דורטמונד. את שערו הראשון באותה עונה הבקיע בתיקו 2-2 מול בורוסיה מנשנגלדבך. בהמשך, נפצע ואן דר וארט ונעדר למשך מספר חודשים. בינואר 2013 חזר ואן דר וארט מהפציעה, ובאפריל 2013 מונה לקפטן הקבוצה, במקומו של הייקו וסטרמן. באותו חודש הבקיע צמד בניצחון 2-1 על פורטונה דיסלדורף. את עונת 2012/13 סיים ואן דר וארט עם חמישה שערים, וקבוצתו סיימה במקום השביעי בבונדסליגה. בעונת 2013/14 הבקיע ואן דר וארט שבעה שערי ליגה, אך המבורג נקלעה למאבקי תחתית והייתה קרובה מאוד לרדת לראשונה בתולדותיה לבונדסליגה השנייה. המבורג סיימה את העונה במקום ה-16, שאילץ אותה להתמודד בצמד משחקי מבחן מול גרויטר פירט שסיימה שלישית בבונדסליגה השנייה. ואן דר וארט פתח בהרכב בשני המשחקים והוחלף במשחק הגומלין בדקה ה-75. המבורג שרדה בליגה רק בזכות חוק שערי החוץ, כאשר המשחק הביתי שלה הסתיים בתיקו 0-0 והגומלין בחוץ הסתיים בתיקו 1-1. בעונת 2014/15 ואן דר וארט והמבורג שוב הסתבכו בתחתית ונאלצו להתמודד בצמד משחקי מבחן, והפעם מול קרלסרוהה. שני המשחקים הסתיימו בתיקו 1-1, כאשר במשחק הגומלין המבורג הייתה קרובה מאוד להפסד, אך הצליחה להשוות בתוספת הזמן ולנצח בהארכה. ואן דר וארט לא שיחק כלל במשחק הראשון אך שיחק 120 דקות בגומלין. לאורך עונה זו, הבקיע ואן דר וארט ארבעה שערי ליגה. בתום העונה, שוחרר ואן דר וארט מהקבוצה לאחר שחוזהו לא הוארך.
ריאל בטיס, מיטיולן, אסביירג וסיום הקריירה
בקיץ 2015 חתם ואן דר וארט בשורות ריאל בטיס, העולה החדשה לליגת העל הספרדית, אליה עבר בהעברה חופשית. את הופעת הבכורה שלו במועדון ערך ואן דר וארט בהפסד 2-1 לדפורטיבו לה קורוניה בספטמבר 2015. ואן דר וארט לא התאקלם בבטיס, וערך תשע הופעות בלבד בכל המסגרות בעונת 2015/16, ולא הבקיע אפילו שער אחד. באוגוסט 2016 חתם ואן דר וארט בשורות מיטיולן מליגת העל הדנית על חוזה לשנתיים. את הופעת הבכורה במיטיולן ערך ואן דר וארט במשחק מול ויבורג. את שערו הראשון בקבוצה הבקיע בניצחון 5-2 על הורסנס במחזור הרביעי של עונת 2016/17. בדצמבר 2016 הבקיע ואן דר וארט שער נוסף בהפסד 2-1 לברונדבי, שהיה השער האחרון שלו במועדון. ואן דר וארט בהמשך מיעט מאוד לשחק וערך בסך הכל 17 הופעות בתקופתו במיטיולן, כשבעונת 2017/18 ערך שתי הופעות בלבד. באוגוסט 2018 חתם באסביירג הדנית. ואן דר וארט הספיק לערוך שלוש הופעות בלבד בקבוצה, אך פציעות טורדניות הביאו אותו להודיע ב-5 בנובמבר 2018 על פרישתו ממשחק פעיל.[1]
קריירה בינלאומית
בשנת 2001 השתתף ואן דר וארט במונדיאל הנוער שנערך בארגנטינה, והגיע עם נבחרת הנוער של הולנד לרבע הגמר, שם הודחה נבחרתו על ידי נבחרת הנוער של מצרים, שניצחה בתוצאה 2-1. ואן דר וארט הבקיע את השער להולנד במשחק זה. בנבחרת נוער זו, שיחק ואן דר וארט יחד עם אריין רובן, מרטין סטקלנבורג, קלאס יאן הונטלאר וג'ון הייטינחה. באוקטובר 2001 ערך ואן דר וארט את הופעת הבכורה עבור נבחרת הולנד הבוגרת, בניצחון על אנדורה במסגרת מוקדמות מונדיאל 2002. במונדיאל 2002 עצמו ואן דר וארט לא השתתף, משום שהולנד כשלה להעפיל אליו. את שער הבכורה שלו במדים הלאומיים הבקיע ואן דר וארט בספטמבר 2003, בניצחון 3-1 על אוסטריה במוקדמות יורו 2004.
הטורניר הגדול הראשון בו השתתף ואן דר וארט היה יורו 2004. בטורניר זה פתח ואן דר וארט בהרכב במשחק אחד בשלב הבתים, ונכנס בשני משחקים נוספים כמחליף, כולל במשחק חצי הגמר, בו הפסידה הולנד 2-1 לפורטוגל המארחת, והודחה מהטורניר. לקראת מונדיאל 2006, אליו זומן ואן דר וארט לאחר עונה נהדרת בהמבורג, נפצע ואן דר וארט, ומאמן הנבחרת מרקו ואן באסטן בחר לא לסכנו, והשתמש בו רק כמחליף במשחק השני של שלב הבתים. במשחק השלישי, מול ארגנטינה, פתח ואן דר וארט בהרכב, ונכנס כמחליף בשמינית הגמר, במשחק בו הפסידה הולנד 1-0 לפורטוגל והודחה מהטורניר. ביורו 2008 קיבל ואן דר וארט תפקיד מרכזי יותר על ידי המאמן מרקו ואן באסטן, ופתח בהרכב בשני המשחקים הראשונים בשלב הבתים בהם הרשימה הולנד, בניצחון 3-0 על אלופת העולם דאז איטליה ובניצחון 4-1 על סגנית אלופת העולם דאז צרפת. לאחר שקיבל מנוחה במשחק האחרון בשלב הבתים, חזר ואן דר וארט להרכב הולנד במשחק רבע הגמר מול רוסיה, אך הולנד הפסידה במשחק זה באופן מפתיע בתוצאה 3-1 לאחר הארכה, והודחה מהטורניר.
ואן דר וארט זומן לסגל ההולנדי למונדיאל 2010 על ידי המאמן החדש בארט ואן מרוויק, על אף שהיה בתקופה לא טובה בקבוצתו דאז ריאל מדריד. ואן דר וארט פתח בהרכב והוחלף בכל שלושת משחקיה של הולנד בשלב הבתים, שבשלושתם הולנד ניצחה, אך לא שיחק כלל בשמינית וברבע הגמר. בחצי הגמר, במשחק בו הולנד ניצחה 3-2 את אורוגוואי, נכנס ואן דר וארט בדקה ה-46. בגמר מונדיאל 2010, בו הפסידה הולנד 1-0 לנבחרת ספרד בהארכה, נכנס ואן דר וארט כמחליף במקום דירק קאוט בדקה ה-71, אך ללא הועיל.
ואן דר וארט זומן לסגל ההולנדי ליורו 2012, בו הוגרלה הולנד לבית קשה במיוחד שכלל את נבחרות דנמרק, גרמניה ופורטוגל. ואן דר וארט והולנד הפסידו בכל שלושת המשחקים בטורניר, וסיימו אותו עם אפס נקודות והדחה מוקדמת. בשני המשחקים הראשונים בטורניר, מול דנמרק וגרמניה, נכנס ואן דר וארט כמחליף. במשחק האחרון מול פורטוגל, פתח ואן דר וארט בהרכב, והבקיע שער יתרון להולנד, שהיה השער היחיד שלו בטורנירים גדולים, אך פורטוגל הפכה את התוצאה וניצחה 2-1. במוקדמות מונדיאל 2014 היה ואן דר וארט שחקן משמעותי מאוד והבקיע חמישה שערים, וזומן לסגל ההתחלתי של הולנד למונדיאל 2014 עצמו, אך נופה מהסגל הסופי על ידי המאמן לואי ואן חאל בעקבות פציעה. בדיעבד, הופעתו ה-109 והאחרונה של ואן דר וארט במדים הלאומיים הייתה במשחק ידידות מול יפן בנובמבר 2013. ואן דר וארט הבקיע את שערו ה-25 והאחרון במדים הלאומיים במשחק זה, שהסתיים בתיקו 2-2.
בשנת 2005 התחתן עם הדוגמנית ההולנדית סילביה מייז, ולזוג נולד בן בשנת 2006. זוג זה היה פופולרי מאוד במדורי הרכילות, ואף הושווה לזוג דייוויד בקהאם וויקטוריה בקהאם. בקיץ 2009 רצתה ריאל מדריד למכור את ואן דר וארט, אך הוא סירב משום שאשתו עברה טיפולים להחלמה מסרטן במדריד. ואן דר וארט ומייז עזבו את מדריד ועברו בקיץ 2010 ללונדון, שם שיחק ואן דר וארט בטוטנהאם, לאחר שהצהיר כי אשתו החלימה מהסרטן.
בשנת 2010 גילה ואן דר וארט באימייל של אשתו כי היא מנהלת יחסים עם טייס בחברת KLM. בשנת 2012 נפרדו ואן דר וארט ומייז, לאחר אירועים של אלימות במשפחה, בהם הכה ואן דר וארט את מייז. בהודעות לתקשורת על הפרידה, הודיע ואן דר וארט כי הוא מתנצל על האלימות ושהוא נשאר עם מייז ביחסים טובים.
בשנת 2016 הודיע ואן דר וארט כי הוא מנהל מערכת יחסים עם אסטבנה פולמן, שחקנית כדוריד הולנדית מפורסמת, ששיחקה אז בליגת העל הדנית בכדוריד. זו הייתה לטענת ואן דר וארט הסיבה בגינה בחר להתגורר בדנמרק ולשחק בליגת העל הדנית בכדורגל באותה תקופה. ביוני 2017 נולדה בת לואן דר וארט ולפולמן.