Elle épousa en 1868 Louis de Bavière, un arrière-petit-fils du roi Maximilien Ier à qui elle donna une nombreuse postérité.
En 1886, le roi Louis II de Bavière ayant été déclaré inapte à remplir ses fonctions fut démis du pouvoir et interné dans un de ses châteaux. Son frère Othon, étant également incapable d'exercer le pouvoir, la régence fut confiée à son plus proche parent, leur oncle Luitpold de Bavière, beau-père de Marie-Thérèse.
Le prince Luitpold mourut en 1912 et la régence fut assumée par le prince Louis, époux de Marie-Thérèse. Celui-ci obtint l'abdication de son cousin le roi Othon Ier et devint roi en 1913. Marie-Thérèse devint la quatrième reine de Bavière.
L'année suivante, la Bavière, conformément aux traités qui la liaient à la Prusse, entra en guerre contre la France et la Russie. Le prince héritier Rupprecht de Bavière, fils aîné du roi et de la reine Marie-Thérèse, se distingua en Lorraine et fut surnommé "Le sauveur de Metz".
Confronté à la défaite de l'Empire allemand et à la révolution, le roi Louis III renonça au pouvoir 4 jours après le Kaiser, le . La république fut proclamée en Bavière.
Le couple royal se retire dans le Chiemgau où la reine Marie-Thérèse mourut trois mois plus tard à l'âge de 69 ans.
Nicolas Énache, La descendance de Marie-Thérèse de Habsburg, Paris, Éditions L'intermédiaire des chercheurs et curieux, , 795 p. (ISBN978-2-908003-04-8).
Michel Huberty et Alain Giraud, L'Allemagne dynastique : Wittelsbach, t. IV, Le Perreux-sur-Marne, Alain Giraud, , 545 p. (ISBN978-2-901138-04-4).
Les générations sont numérotées dans l'ordre de la descendance depuis les premiers archiducs. Au sein de chaque génération, l'ordre est strictement chronologique et défini par la date de naissance.
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