Lorsqu'il naît en 1944, son père est un charentais, colonel quinquagénaire, et sa mère une « pied-noir » de Constantine[1]. Son père est issu d’une famille de minotiers qui exploitaient un moulin sur la rivière Bandiat à Pranzac en Charente.
En 1962, il entreprend des études de droit privé à Bordeaux[2]. Il fait alors la connaissance de Jacques Ellul, qui enseigne à la Faculté de droit et à Sciences Po et avec qui il gardera des contacts jusqu'à la mort de celui-ci, en 1994[3].
Pigiste, puis journaliste et enfin grand reporter au quotidien Sud Ouest, il est lauréat du Prix François-Jean Armorin en 1967, puis du prix Albert-Londres en 1972[4]. Ce prix lui vaut d'être engagé par Le Monde en 1972, puis par le Nouvel Observateur. De la guerre du Biafra au siège de Sarajevo dans l'ex-Yougoslavie, il est pendant vingt-six années correspondant de guerre et couvre la plupart des conflits des années 1970, 1980 et 1990. Au début des années 1980, il a cofondé et dirigé Reporters sans frontières jusqu'en 1994.
Vers 1980, Guillebaud entame une carrière dans le monde de l'édition, devenant directeur littéraire au Seuil et responsable de tous les essais publiés par cet éditeur. C'est ainsi qu'il publie trois ouvrages de Jacques Ellul : La parole humiliée (1981), Changer de révolution (1982) et La subversion du christianisme (1984), suivis de quelques autres jusqu'en 1991[5]. En 1983, il fonde avec Claude Pinganaud et Catherine Guillebaud (son épouse), la librairieLes Fruits du Congo (du titre d'un roman d'Alexandre Vialatte), alors située rue de l'Odéon à Paris, puis les éditions Arléa en 1986 à la même adresse[6]. Il quitte ses fonctions chez Arléa en 1998.
De 1982 à 1986, il est producteur à la télévision. D'abord à France 3 de l'émission mensuelle Cinéma sans visa, puis sur Antenne 2 pour l'émission trimestrielle L'Histoire Immédiate, coproduite avec les éditions du Seuil. En 1984, il est à l'initiative de la célèbre émission Vive la crise !, présentée par Yves Montand et tirée d'un essai de Michel Albert, ancien Commissaire au Plan, Le Pari français (éditions du Seuil).
Il tient une chronique hebdomadaire sur la vie des médias dans le supplément télévision du Nouvel Observateur, avant de remplacer à partir de Jacques Julliard en tant qu'éditorialiste politique. Sa chronique sur les médias a été maintenue dans le supplément Téléobs jusqu'à . Il tient également un bloc-notes d'observation de la société et de la vie politique françaises dans l'hebdomadaire catholique La Vie. Depuis 1986, il tient une chronique Paris-Province dans Sud-Ouest-Dimanche.
À partir de 1995, il publie une série de six gros essais de sciences humaines sous le titre générique Enquête sur le désarroi contemporain. Dans ces ouvrages, traduits pour certains dans plusieurs pays et plusieurs fois primés, il s'efforce de comprendre et faire comprendre dans un langage accessible à tous les immenses mutations du monde contemporain : mutations économique (la mondialisation), géopolitique (l'Occident n'est plus le centre du monde), numérique (qu'il compare au surgissement d'un sixième continent, Internet), génétique (la remise en cause des structures de la parenté), écologique (qui rend impossible dans un proche avenir de perpétuer notre façon de vivre en pillant la planète) et spirituelle (avec le prétendu « retour » du religieux).
À partir de 2007, il renoue avec la foi chrétienne et publie Comment je suis redevenu chrétien, suivi dix ans plus tard, en 2017, de La Foi qui reste.
Résident sur la commune de Bunzac en Charente, dans sa demeure des Deffends, ancienne résidence des évêques d’Angoulême, Jean-Claude Guillebaud a exprimé son attachement à la terre de ses ancêtres dans L'accent du pays (Seuil, 1990)[2].
La Trahison des Lumières : enquête sur le désarroi contemporain, Éditions du Seuil, 1995 (ISBN2-02-023447-5) — prix Jean-Jacques Rousseau de la ville de Genève
La Porte des larmes : Retour vers l’Abyssinie (photogr. Raymond Depardon), Paris, Éditions du Seuil, [10]
La Force de conviction : à quoi pouvons-nous croire ?, Éditions du Seuil, 2005 (ISBN2-286-01245-8) — Prix des libraires Siloé et prix humanisme de la Franc-maçonnerie française.
↑« Arléa jacta est. », Libération.fr, (lire en ligne, consulté le ).
↑Qui est qui en France, Jacques Lafitte, 2010, p.1050
↑« Officier supérieur plein d'allant, s'est signalé à nouveau au cours des opérations qui ont abouti à la libération de la Franche-Comté par son audace et son habileté manœuvrière. Exploitant au maximum la situation, a lancé son régiment dans la nuit du 5 septembre 1944, à travers les lignes ennemies sur Baume-les-Dames, à plus, de 50 kilomètres en avant de la ligne de contact, réussissant à couper la route aux colonnes allemandes se repliant de Besançon en direction du Nord-Est. Le 12 septembre, s'est emparé de Pont-de-Roide après de durs combats infligeant à l'ennemi de lourdes pertes et capturant de nombreux prisonniers. Huit citations antérieures, dont six à l'ordre de l'armée. Officier de la Légion d'honneur du 3 mars 1937. », promotion au grade de Commandeur de la Légion d'Honneur, décret du 9 décembre 1944
