De retour d’un séjour de trois ans à la Villa Médicis, il compose pour la scène lyrique et connaît de grands succès. Son plus grand succès lyrique sera son opéraPatrie, créé en 1886 à l'Opéra de Paris. Cet opéra sera un des plus célèbres de l’époque. Il compose aussi trois messes et un oratorio, Les Saintes Maries de la Mer, des cantates et des motets, une symphonie, des pièces pour piano et une centaine de mélodies, dont certaines sont encore chantées aujourd’hui.
Émile Palaldilhe faisait partie des jurys qui ont refusé par cinq fois d'attribuer à Maurice Ravel le Prix de Rome[3].
Il épouse à Paris 2e le [4] Georgina Lefebvre Desvallières (1867-1936), petite fille de l’académicienErnest Legouvé et sœur du peintre Georges Desvallieres, avec qui il aura deux enfants (Marie-Jeanne en 1888, et Jean en 1890). Il est le grand-père de Dominique Paladilhe.
↑Mairie du 2e arrondissement de Paris, « Acte de décès n° 9 du 06/01/1926 photo 1/31 2D 99 », sur Archives de Paris (consulté le ) : « décédé à 19h, rue Saint-Marc 14, Emile PALADILHE, compositeur de musique, Membre de l'Institut, Officier de la Légion d'honneur, né à Montpellier le 3/06/1844, fils de Jean jacques Isidore Alcide Paladilhe et de Félicité Calon, décédés, époux de Jeanne Elisabeth Georgina Lefèbvre-Desvallières »
↑Jean Marnold, « Le scandale du Prix de Rome », Le Mercure musical, no 1, , p. 130-133 (lire en ligne, consulté le )