Ήταν γιος του ναύαρχου της ελληνικής επανάστασηςΑνδρέα Μιαούλη της ιστορικής υδραίικης οικογένειας των Μιαούληδων. To 1829 φοίτησε στη Στρατιωτική Σχολή του Μονάχου ως υπότροφος του Βασιλέως της Βαυαρίας Λουδοβίκου. Μετά την αποφοίτησή του υπηρέτησε επί τριετία στον αγγλικό στόλο από τον οποίο και μετατάχθηκε στο ελληνικό πολεμικό ναυτικό. Λόγω της γνώσης της αγγλικής γλώσσας, διετέλεσε υπασπιστής του Βασιλέως Όθωνα[1]. Εισερχόμενος αργότερα στη πολιτική εκλέχθηκε βουλευτής Ύδρας (25 Σεπτεμβρίου1855) αναλαμβάνοντας υπουργός των Ναυτικών επί κυβερνήσεως Δημητρίου Βούλγαρη[2]. Μετά την παραίτηση του Δημητρίου Βούλγαρη, κλήθηκε από τον βασιλιά Όθωνα να τον αντικαταστήσει[1]. Ακολούθως, σχημάτισε στις 13 Νοεμβρίου, κυβέρνηση[1], η οποία διατηρήθηκε με διάφορους ανασχηματισμούς μέχρι τον Μάιο του 1862.
Η κυβέρνησή του Μιαούλη, ο οποίος διατήρησε και τη θέση του στο υπουργείο Ναυτικών[1], θεωρήθηκε από την κοινή γνώμη της Ελλάδας ως φιλοαυστριακή[3] καθώς και πειθήνιο όργανο των εντολών του βασιλιά, γεγονός που προκάλεσε την εχθρική στάση της αντιπολίτευσης[1]. Τον Μάιο του 1859, μετά τα επεισόδια των Σκιαδικών παραιτήθηκε, η αδυναμία όμως του επιλεγμένου από τον Όθωνα, Κωνσταντίνου Κανάρη να σχηματίσει κυβέρνηση, οδήγησε τον Μιαούλη εκ νέου στην εξουσία[4].
Στις εκλογές του ίδιου έτους, ο Μιαούλης επανεξελέγη πρωθυπουργός, όμως η κυβερνητική παράταξη αντιμετώπισε σοβαρά ζητήματα συνοχής με συνέπεια τους συχνούς ανασχηματισμούς. Το 1860 ο Μιαούλης υπέβαλε εκ νέου παραίτηση η οποία δεν έγινε δεκτή από τον Όθωνα, ο οποίος διέλυσε τη βουλή τον Νοέμβριο του ίδιους έτους. Ακολούθησε άρνηση του Καλλέργη να σχηματίσει κυβέρνηση με επακόλουθο την προκήρυξη νέων εκλογών οι οποίες διήρκεσαν από τον Δεκέμβριο του 1860 ως τον Μάρτιο του 1861. Ο Μιαούλης επικράτησε ξανά, υπήρξε όμως πλήθος καταγγελιών για νοθεία και τρομοκρατία που είχε ως αποτέλεσμα αρκετές ισχυρές προσωπικότητες της αντιπολίτευσης να μην κατορθώσουν να εκλεγούν[5].
Ακολούθησε η απόπειρα κατά της ζωής της Βασίλισσας Αμαλίας και έπειτα εκδηλώθηκε η στάση του Ναυπλίου. Μετά όμως τη καταστολή του κινήματος εκείνου (25 Απριλίου1862) ο Αθανάσιος Μιαούλης παραιτήθηκε παραδίδοντας την αρχή στον Γενναίο Κολοκοτρώνη. Μετά την έξωση του Όθωνα και της Βασίλισσας Αμαλίας, ο Αθανάσιος Μιαούλης τους ακολούθησε στο εξωτερικό απ΄ όπου και επανήλθε κατά την ενθρόνιση του Βασιλέως Γεωργίου του Α' (1863), χωρίς ν΄ αναμιχθεί πλέον με την πολιτική[6] καθώς φαίνεται πως δεν διέθετε λαϊκά ερείσματα[7].
Κατά το διάστημα της πρωθυπουργίας του συνεχίστηκε το έργο του προκατόχου του σχετικά με την πραγματοποίηση διαφόρων εγγειοβελτιωτικών έργων που θα εξασφάλιζαν τη δημιουργία περισσότερων καλλιεργήσιμων εκτάσεων γης ενώ ταυτόχρονα μερίμνησε για την ολοκλήρωση της διόρυξης και της γεφύρωσης του πορθμού του Ευρίπου[8].
1Πρωθυπουργός πραξικοπηματικής κυβέρνησης. 2Πρωθυπουργός κυβέρνησης που δεν ελέγχει την Αθήνα. 3Υπό διαφορετικό τίτλο. 4Πρωθυπουργός της "Ελληνικής Πολιτείας" κατά τη διάρκεια της Κατοχής. 5Υπηρεσιακός πρωθυπουργός.