16-та зенітна дивізія була сформована 1 квітня 1942 року на території окупованої Бельгії та Північної Франції. Головним завданням з'єднання було керівництво всіма протиповітряними силами в повітряному районі «Бельгія-Північна Франція», особливо в прибережних районах. Першим командиром дивізії став генерал-лейтенантКурт Штойдеманн 15 червня 1942 року зі штабом поблизу Лілля. Менш ніж за півроку бойових дій підпорядковані полки дивізії зуміли відзначитися 200-м збитим літаком противника. 1 березня 1943 року відбулася перша зміна керівництва дивізії. Новим командиром дивізії став генерал-майорРудольф Айбенштайн, який керував дивізією до 30 квітня 1944 року.
З 29 серпня 1944 року дивізії було передано командування всіма протиповітряними силами в зоні відповідальності групи армій «B» під командуванням генерал-фельдмаршала Вальтера Моделя. З просуванням союзників перший командний пункт у Ліллі довелося нарешті залишити та перенести до Хейтер-Гейде (Голландія) з 22 вересня 1944 року. Протягом цього часу полки 16-ї зенітної дивізії залучалися до протидії союзницькій операції «Маркет-Гарден». Дії зенітників були настільки успішні, що 26 вересня 1944 року дивізія була відзначена у звіті Вермахту.
У зв'язку з продовженням наступу Об'єднаних сил союзників командний пункт дивізії знову довелося передислокувати. 23 жовтня 1944 року його перевели до Дутінхема, де підпорядкували III корпусу ППО. На початок грудня 1944 року дивізія мала у своєму складі 77 важких і 85 середніх і легких зенітних батарей, що робило її найсильнішим підрозділом військ ППО на Західному фронті. На кінець січня 1945 р. у строю залишалося ще 49 важких і 67 середніх і легких батарей.
Karl-Heinz Hummel: Die deutsche Flakartillerie 1935—1945. Ihre Großverbände und Regimenter. VDM, Zweibrücken 2010, ISBN 978-3-86619-048-1, S. 57, 58.(нім.)
Horst-Adalbert Koch, Heinz Schindler, Georg Tessin: FLAK. Die Geschichte der Deutschen Flakartillerie und der Einsatz der Luftwaffenhelfer. Podzun Verlag, 2. Auflage, Bad Nauheim 1965, S. 449.