З 1983 року ніс послух читця в Свято-Троїцькому кафедральному соборі Сімферополя. З 1985 року став цікавитися усним церковним переказом. Для чого здійснював поїздки по різних регіонах країни у пошуках свідків церковних подій першої половини ХХ століття.
З 1991 року викладав на курсах катехізації в єпархіальному духовному училищі, згодом — викладач Таврійської духовної семінарії. Активно брав участь в богословських та історичних конференціях. Щорічно робив доповіді в Свято-Тихонівському інституті[ru] за результатами архівних досліджень по Українській церковній історії першої половини ХХ століття.
З 1995 року ніс послух в Синодальній комісії УПЦ по канонізації новомучеників і сповідників ХХ століття. В цей же час вів дослідницьку роботу в різних архівах СБУ, а також в державних архівах. Результатом цієї роботи стали книги, присвячені подвигу новомучеників і сповідників ХХ століття.
16 листопада 2021 року очільник РПЦвУ митрополит Онуфрій Березовський призначив єпископа Нестора тимчасовокеруючим Джанкойською єпархією[9].
В січні 2023 року позбавлений громадянства України указом президентом України за підтримку агресії проти України[10].
Політичні погляди
Як з'ясувала Релігія в Україні, новий вікарний архиєрей — єпископ Нестор (Доненко) — теж відомий як фігурант листування Кирила Фролова, лідера «Асоціації православних експертів» (АПЕ), куди входять священики і миряни РПЦ і УПЦ (МП), з Патріархією РПЦ і Адміністрацією Президента РФ. Протоєрей Микола Доненко рекомендувався Фроловим в загальному списку «проросійських сил» в Україні, які могли б стати партнерами руху «Український вибір»Віктора Медведчука.[11]
¹ РПЦ підпорядкувала єпархії собі, єпископів відправила на спокій і поставила нових; ² РПЦ підпорядкувала єпархії собі разом з єпископами; ³ РПЦ підпорядкувала собі, а потім почислила єпископів на спокій (нових не призначено); 4 РПЦ утворила нову Скадовську єпархію і поставила там свого єпископа (ці дії не визнаються УПЦ)
Strategi Solo vs Squad di Free Fire: Cara Menang Mudah!