Na temporada de 2008, rumou para a equipe McLaren, após o retorno de Fernando Alonso para a Renault. Na McLaren, foi companheiro do inglêsLewis Hamilton. Heikki conseguiu sua primeira vitória no Grande Prêmio da Hungria graças a quebra do motor de Felipe Massa na última volta Grande Prêmio da Hungria de 2008,[2] sendo o 100º piloto a ganhar um Grande Prêmio.
Em 14 de dezembro de 2009 a Lotus Racing (renomeada para Team Lotus para disputar a temporada de 2011) anunciou o italiano Jarno Trulli e o finlandês Heikki Kovalainen como dupla de pilotos para 2010.[3] Disputou ainda as temporadas de 2011 e 2012. Ficou fora de quase toda a temporada 2013, voltando apenas para disputar as duas últimas etapas substituindo Kimi Räikkönen na Lotus F1 Team.[4]
Super GT
Após a Fórmula 1 foi para a Super GT a partir de 2015 pela equipe Lexus Team SARD, foi campeão da categoria em 2016