Najstarsza wzmianka o miejscowości pochodzi z 850 roku. Od 1004 roku stolica biskupstwa-księstwa Merseburga. W 1565 r. księstwo zostało inkorporowane do Elektoratu Saksonii. W 1657 r. Merseburg został stolicą nowo powstałego Księstwa Saksonii-Merseburga. Od 1806 r. w granicach Królestwa Saksonii, połączonego w latach 1807–1815 unią z Księstwem Warszawskim. Na skutek ustaleń kongresu wiedeńskiego w 1815 r. zostało przyłączone do Królestwa Prus, które od 1871 r. współtworzyło zjednoczone Niemcy.
Centrum miasta zostało zniszczone w trakcie II wojny światowej. Po wojnie miasto znalazło się w radzieckiej strefie wpływów.
W Merseburgu wielokrotnie zapadały ważne decyzje dla dziejów Polski:
↑JerzyJ.KrasuskiJerzyJ., Polska-Niemcy. Stosunki polityczne od zarania po czasy najnowsze, Wrocław: Ossolineum, 2009, s. 51, ISBN 978-83-04-04985-7, OCLC750890813.
↑ abKliatalseiten Beuna Kirche [online], de/ofb/kliatal_untGeiseltal/Geschichte/Kliatal_Beuna_Kirche.htm [dostęp 2024-04-24] [zarchiwizowane z adresu 2016-07-31].