ესტონეთი მდებარეობს ზომიერი სარტყლის ჩრდილოეთ ნაწილსა და გარდამავალ ზონაში ოკეანურსა და კონტინენტურ კლიმატს შორის. იმის გამო, რომ ესტონეთი (და მთლიანი ჩრდილოეთ ევროპა) ატლანტის ოკეანის ჩრდილოეთ ნაწილის ზღვიური ჰაერით თბება, მისი კლიმატი რბილია, მიუხედავად ქვეყნის ჩრდიულური მდებარეობისა. სანაპირო ზოლისა და შიდა ნაწილის კლიმატს შორის სხვაობა ბალტიის ზღვის ფაქტორითაა გამოწვეული. ესტონეთში წელიწადის ოთხი თითქმის თანაბარი სეზონია. ივლისში, ყველაზე თბილ თვეში, ბალტიის ზღვის კუნძულებიდან ქვეყნის შიდა ნაწილამდე საშუალო ტემპერატურა მერყეობს 16,3 °C (61,3 °F)-დან 18,1 °C (64,6 °F)-მდე, ხოლო თებერვალში, ყველაზე ცივ თვეში −3,5 °C (25,7 °F)-დან −7,6 °C (18,3 °F)-მდე.
ესტონეთის საშუალო წლიური ტემპერატურა 5,2 °C (41,4 °F)-ია.[1] 1961–1990 წლებში ნალექების საშუალო წლიური რაოდენობა 535-727 მილიმეტრს შეადგენდა;[2] წვიმიანი დღეების რაოდენობა წელიწადში 102-127 იყო.[2]
