Questa voce raccoglie le informazioni riguardanti il Fußball-Club Bayern München nelle competizioni ufficiali della stagione 2005-2006.
In questa stagione il Bayern ottiene nuovamente un double: vince il ventesimo titolo tedesco facendo cinque punti in più del Werder Brema, inoltre, dopo aver sconfitto l'Eintracht Francoforte in finale, conquista la tredicesima Coppa di Germania. Nella Champions League invece, i bavaresi si classificano secondi dietro la Juventus nel gruppo come nell'edizione precedente, e sono poi fermati dal Milan negli ottavi di finale.
Area direttiva
Area tecnica
Legenda: Luogo: C = Casa; T = Trasferta. Risultato: V = Vittoria; N = Pareggio; P = Sconfitta.