Questa voce raccoglie le informazioni riguardanti il Fußballclub Carl Zeiss Jena nelle competizioni ufficiali della stagione 2005-2006.
Nella stagione 2005-2006 il Carl Zeiss Jena, allenato da Heiko Weber, concluse il campionato di Regionalliga nord al 2º posto e fu promosso in 2. Bundesliga.
Area tecnica
Legenda: Luogo: C = Casa; T = Trasferta. Risultato: V = Vittoria; N = Pareggio; P = Sconfitta.