Questa voce raccoglie le informazioni riguardanti il Fußballclub Carl Zeiss Jena nelle competizioni ufficiali della stagione 1993-1994.
Nella stagione 1993-1994 il Carl Zeiss Jena, allenato da Uwe Erkenbrecher e Hans Meyer, concluse il campionato di 2. Bundesliga al 17º posto e fu retrocesso in Regionalliga. In Coppa di Germania il Carl Zeiss Jena fu eliminato ai quarti di finale dal Rot-Weiss Essen.
Area tecnica
Legenda: Luogo: C = Casa; T = Trasferta. Risultato: V = Vittoria; N = Pareggio; P = Sconfitta.