La Regionalliga 2005-2006 è la 12ª edizione del campionato di calcio tedesco di terza divisione ad avere questa denominazione.
La stagione 2005-2006 di Regionalliga si concluse con la promozione di Rot-Weiss Essen, Carl Zeiss Jena, Augusta e Coblenza in 2. Bundesliga.
Legenda:
Regolamento:
Ogni riga indica i risultati casalinghi della squadra segnata a inizio della riga, contro le squadre segnate colonna per colonna (che invece avranno giocato l'incontro in trasferta). Al contrario, leggendo la colonna di una squadra si avranno i risultati ottenuti dalla stessa in trasferta, contro le squadre segnate in ogni riga, che invece avranno giocato l'incontro in casa.