La Commissione Prodi è stata la Commissione europea in carica dal 16 settembre 1999 fino al 21 novembre 2004.
Entrò in carica dopo le dimissioni della precedente Commissione Santer, il cui presidente, Jacques Santer, venne sostituito dal vicepresidente Manuel Marín con l'incarico ad interim di presidente nella Commissione Marín. La Commissione Prodi fu prorogata fino al 21 novembre 2004, invece di scadere il 31 ottobre, termine naturale del suo mandato, a causa della mancata approvazione, da parte del Parlamento europeo, della prima lista di commissari proposta dal successore José Manuel Durão Barroso.
Inizialmente composta da venti esponenti, la Commissione si è arricchita, a partire dal 1º maggio 2004, di dieci nuovi membri provenienti dai dieci paesi dell'Europa centrale e orientale accedenti all'Unione europea in tale data.
Già Presidente del Consiglio Italiano e nuovamente capo del governo dal 2006 al 2008 alla testa di coalizioni raggruppanti le forze progressiste (cattolici di centro-sinistra, partiti socialisti e comunisti, verdi, alcuni partiti liberali).
Con l'allargamento del 1º maggio 2004 dell'Unione europea, la Commissione si arricchì di dieci nuovi commissari provenienti dai nuovi stati membri. Per i pochi mesi rimanenti prima della scadenza del mandato della Commissione, ciascuno dei nuovi commissari andò ad affiancare un commissario già in carica.