Laureato cum laude in economia presso l'Università di Tartu nel 1972, sul finire degli anni ottanta è stato uno dei primi economisti estoni ad introdurre il concetto di indipendenza economica.
Nominato Presidente della Banca d'Estonia nel 1991, è stato uno dei principali architetti della riforma monetaria estone che portò nel 1992 all'adozione della corona, legata al marco tedesco sui mercati valutari, come nuova divisa nazionale.
Nel 1995 Kallas è stato eletto al Riigikogu (il Parlamento estone) ed ha assunto la carica di ministro degli esteri, nel periodo in cui l'Estonia apriva i negoziati per l'accesso all'Unione europea. Nel 1999, rieletto membro del Parlamento, ha assunto la carica di ministro delle finanze, che avrebbe ricoperto per tre anni; anche in questo ruolo ha dato forti contributi alle negoziazioni per l'accesso dell'Estonia alla UE.