1520. augusztus 1-jén született I. Zsigmond lengyel király és Bona Sforza milánói hercegnő egyetlen fiaként.[1] A lengyel rendek még apja életében, 1529-ben litván nagyherceggé választották. 1530-ban édesapja társuralkodójává választották és megkoronázták.[1]1544-től ő kormányozta a Litván Nagyfejedelemséget,[1] édesapja halála után, 1548. április 1-jén elfoglalta a lengyel trónt is. A tényleges uralmat azonban anyja, Bona Sforza gyakorolta helyette, és Zsigmond csak az özvegy anyakirályné 1556-os Itáliába távozása után kezdett uralkodni.[forrás?]
Miután első felesége 1545-ben gyermektelenül meghalt, titokban elvette a litván főúri családból származó Barbara Radziwiłłt 1547-ben.[1] Amikor 1548-ban bejelentette házasságát, a szlachta (a szejm, vagyis országgyűlés alsóházát képező köznemesség) megpróbálta semmissé nyilvánítani azt, mert félt a Radziwiłłek befolyásától.[1] A király legyőzte a szejm ellenkezését, de Barbara 1551-ben gyermektelenül meghalt, állítólag Zsigmond édesanyja mérgezte meg.[1]
A király 1553-ban házasságot kötött első felesége féltestvérével, Katalinnal.[1]
Fráter György, akit Erdélyben a törökök és a románok szorongattak, próbálta Zsigmondot rávenni, hogy indítson támadást Moldva ellen, de nem tudta ezt elérni.
A háború miatt Zsigmond kénytelen volt megerősíteni pozícióját oly módon, hogy alkotmányos módon egyesítette a lengyel koronához csatolt összes területet.[1] A lengyel és litván köznemesség támogatását élvező király 1564-ben Lengyelországra engedményezte Litvániában fennálló örökletes jogait, és ezzel megalkotta a két állam alkotmányos jogegyenlőségét, de nem a teljes unióját.[1]1569-ben hivatalosan a lengyel királysághoz csatolta a volhíniai és kijevi területeket, bejuttatva képviselőiket a szejmbe, majd 1569-ben a kibővített szejm törvényébe iktatta a lublini uniót, egyesítve Lengyelországot és Litvániát, valamint a hozzájuk csatolt területeket.[1]
1572-ben országgyűlést hívott össze, amelyen vallásszabadságot biztosított a protestánsoknak.