1553-ban született Miksa magyar király (II. Miksa néven német-római császár) és Habsburg Mária spanyol infánsnő gyermekei sorában negyedikként született. Tizennégy testvére volt. Két bátyja közül az idősebb, Ferdinánd kisgyermekként meghalt, a második fiú, Rudolf főherceg később a császári és királyi trónra került. A harmadik fiú, Ernő főherceg bátyjával, Rudolffal együtt Spanyolországban nevelkedett.
1572-ben a Jagelló-ház férfiágának kihalása után apja, Miksa császár a lengyel korona megszerzésére törekedett. Előbb önmagát, majd maga helyett Ernő főherceget jelöltette a trónra. A szejm azonban Ernővel szemben IX. Károly francia király öccsét, Valois Henrik herceget választotta királlyá, és Ernő kénytelen volt trónigényéről lemondani.
1577-ben bátyja, Rudolf császár a Magyar Királyság katonai főkormányzójává nevezte ki, mely tisztséget Ernő 1592-ig töltötte be. 1590-ben meghalt a nagybátyja, II. Károly osztrák főherceg. Kiskorú fiának, Ferdinánd főhercegnek gyámságát, valamint Alsó- és Felső-Ausztria helytartói méltóságát Ernő főherceg vette át. Két évvel később, a magyarországi Habsburg-hadak élén vereséget szenvedett a törököktől.
Ugyanebben az évben II. Fülöp spanyol király megbízta a Spanyol-Németalföld kormányzásával, Ernő azonban csak 1594-ben érkezett Brüsszelbe, és 1595 februárjában el is hunyt. Kormányzóságának alig több, mint egy éve túl rövid idő volt ahhoz, hogy nagyobb politikai jelentőségűvé váljon. A Habsburgok műgyűjteményeinek szempontjából azonban a főherceg-kormányzó igen fontos lépést tett, amikor a németalföldi Pieter Brueghel festőművész munkásságára felfigyelve, beajánlotta őt a császári udvarba.
