לאחר המלחמה שימש אלמוג כמפקד פלוגה מסייעת בגדוד 202, בין היתר במלחמת ההתשה במובלעת הסורית[6] ובקרבות על שיא החרמון, שם פיקד על מבצע "אורלנד 2".[7] תפקידו הבא היה מפקד סיירת צנחנים, שאותה הוביל במבצע יונתן, שבמהלכו היה הלוחם הראשון שכף רגלו דרכה בשדה התעופה באוגנדה,[8] סיירת הצנחנים,[9] הייתה לכוח הראשון שפעל באנטבה. לוחמיה, שקפצו מן המטוס הראשון בעודו נוחת על המסלול, אבטחו את נחיתת שלושת המטוסים האחרים, הניחו פנסים על מסלול הנחיתה החשוך כדי לעשותו מואר בעבור המטוסים הנוחתים והשתלטו על מגדל הפיקוח החדש. תפקידו הבא של אלמוג היה מפקד גדוד הנח"ל המוצנח,[10] אותו הוביל במבצע מוביל[11] ובמבצע סיגל. במלחמת של"ג, בעודו מפקד על בסיס האימונים של חטיבת הצנחנים,[12] הוביל את גדס"ר צנחנים שאיגד תחתיו לראשונה את היחידות החטיבתיות.[13] כוחו של אלמוג נקרא בשם "כוח עוגן", והוא עמד בראשו מהנחיתה בשפך נהר האוואלי ועד המצור על ביירות.[14] אלמוג אמר על חלקו במלחמה: ”במלחמת שלום הגליל הלכתי ברגל שבעים קילומטר, לחמתי שבעה ימים, קרב אחרי קרב, מארב אחרי מארב”.[15]
ב-2006 מונה אלמוג לעמוד בראש ועדת חקירה צבאית (ועדת אלמוג),[23] שמונתה כדי לחקור את מחדלי חטיפת שני חיילי צה"ל: אהוד גולדווסר ואלדד רגב והנסיבות שהובילו למלחמת לבנון השנייה. דורון אלמוג קיבל את אות אביר איכות השלטון לשנת 2007 בקטגוריית צבא וביטחון "בהוקרה על תרומה ייחודית, הן בשירות הצבאי והן בחיים האזרחיים, להגנה על החלש וחסר הישע ולחיזוק איכות החברה והשלטון בישראל".[24]
נגד אלמוג הוצא בבריטניהצו מעצר, מאחוריו עמד ארגון פלסטיני-בריטי שיוצג על ידי עו"ד דניאל מחובר, בחשד לעבירות על אמנת ז'נבה.[25] צו המעצר התייחס למעורבותו בהרס כ-50 בתי פלסטינים ברפיח בעקבות רציחת חיילי צה"ל באזור. אלמוג, שטס לבריטניה במטוס של אל על על מנת לגייס כספים לפעילות חברתית אזרחית, הוזהר על ידי השגריר הישראלי, צבי חפץ, ברגע הנחיתה כי הוגש נגדו צו המעצר. הוא נותר במטוס, בהתאם להמלצת הפרקליטות, ושב לישראל, מחשש שייעצר.[26] בסופו של דבר בוטל הצו ושר החוץ הבריטי, ג'ק סטרו, התנצל בפני עמיתו הישראלי, סילבן שלום, על הפרשה.[27] למשך מספר שנים לאחר התקרית נאלץ אלמוג לפנות לפרקליטות המדינה על מנת שתאשר כל יציאה שלו לחו"ל לאחר בדיקה משפטית בארץ היעד.[28]
פעילות אזרחית
מאז שנת 2005, עמד אלמוג בראש קבוצת ההשקעות "אתלון" (Athlone Global Security), אותה הקים. עיקר השקעות החברה היו בטכנולוגיות ישראליות מקוריות המיועדות ליישומים אזרחיים להגנה מפני טרור. הקבוצה כשלה במרבית השקעותיה.[29]
לאחר שפרש מצה"ל החל אלמוג בהקמת הכפר השיקומי עדי נגב למבוגרים בעלי פיגור שכלי קשה או משולב בלקויות קוגניטיביות נוספות.[30] בנו, ערן, נפטר בגיל 23 ממחלת קסטלמן, מספר חודשים אחרי שאלמוג ושותפיו סיימו את עבודות הפתיחה של המוסד[31] והכפר השיקומי נושא את שמו: עלה נגב-נחלת ערן. גם לאחר מותו של ערן, דורון אלמוג נותר פעיל בעמותה, וביום העצמאותה'תשס"ו (2006) היה בין מדליקי המשואות כאות הוקרה על פעילותו למען האוטיסטים ופגועי המוחין בחברה.[32] בשנת 2022 זכה בפרס ירושלים לרווחה ובריאות מטעם ערוץ 7 על הקמת הכפר.[33]
ב-4 בדצמבר2011 אישרה הממשלה את מינויו של אלמוג לתפקיד ראש המטה ליישום התוכנית להסדרת התיישבות הבדואים בנגב, תוך מתן היתר להמשיך לגייס תרומות למען עמותת "עלה נגב-נחלת ערן".[34]
אלמוג נשוי לדידי ולהם שלושה ילדים. לבן ערן, שנקרא על שם אחיו של אלמוג, היה צירוף של אוטיזם ושל פיגור שכלי קשה כתוצאה מפגיעה מוחית מלידה, ונפטר ב-6 בפברואר2007 בגיל 23. הבת, שוהם, נולדה עם פגיעה קשה בעורק הלב, ונפטרה ב-1991, חודש בלבד לאחר לידתה. בתו נצן היא ד"ר לחינוך, חברת סגל החוג לחינוך בקריה האקדמית אונו. נצן היא לקוית ראייה והייתה ממקימי הלשכה בהסתדרות של הממונה על תעסוקת אנשים עם מוגבלות.