לאחר חצי שנה שב לשירות קבע, עלה לדרגת סא"ל ומונה למפקד גדוד 202, ושימש בתפקיד בין השנים 1999–2001. במהלך התפקיד הוביל את הגדוד בין היתר באירועי יום הנכבה בצומתאיו"ש. בהמשך תפס הגדוד קו בגזרת הר דב. במהלך הקו הרגו לוחמי הגדוד שני מחבלים שניסו לבצע חדירה לשטח ישראל מן הכפר רג'ר.[3] אחד האירועים הבולטים בתקופתו כמפקד הגדוד היה חטיפת חיילי צה"ל בהר דב, שאירעה בגזרה תחת אחריותו, הגם שהחיילים שנהרגו היו מגזרה סמוכה.[4] בשנת 2001 מונה למפקד בא"ח צנחנים. במהלך התפקיד, נאום שנשא בפני חייליו קיבל פרסום לאחר שאמר לטירונים כי ”יש סיכוי שתחזרו בארון”.[5] בהמשך הוביל את המעבר לבסיס האימונים "בא"ח שפיפון", ויצא חוצץ נגד אלו שטענו שהתנאים הטובים בבא"ח יהפכו את הצנחנים לחיילים פחות טובים. בתפקיד זה שירת עד שנת 2003.
בשנת 2003 הועלה לדרגת אל"ם ומונה למפקד חטיבה 55. הוא שימש בתפקיד עד שנת 2005, ובמקביל היה חניך במכללה לביטחון לאומי במחזור ל"ב (2004–2005). בשנת 2005 מונה למפקד חטיבת אפרים. במהלך התפקיד הוביל את המאבק בטרור הפלסטיני בגזרת טול כרם וקלקיליה. עם הישגי החטיבה תחת פיקודו נמנה חיסול המבוקש לואי סעדי בידי כוח מיחידת דובדבן.[6] את תפקידו סיים ב-14 במאי2007. ביוני 2007 מונה למפקד בה"ד 1, ושימש בתפקיד עד יולי 2009. תקופתו התאפיינה בהרחבה ניכרת של בית הספר לאור הגידול במספר הצוערים.[7] בסדרה תיעודית של רשת על קורס קציני יבשה, הוא זכה לחשיפה רבה. בסדרה הוא נראה כמי ששם דגש רב על פיתוח ביטחונו העצמי של הצוער, ומדגיש את ערך הדבקות במשימה והחתירה לניצחון, וכמי שמחדד את המשימה של הקצין בצה"ל ומתמצת אותו במשפט: ”אתם צריכים להיות מספיק בטוחים בעצמכם, מאמינים בעצמכם, ביכולת המקצועית, הפיקודית, המנהיגותית להוביל אנשים [...] אתם צריכים לנצח במלחמה הבאה!”.[8] ב-20 באוגוסט 2009 מונה למפקד חטיבת הצנחנים. במהלך תפקידו הצהיר כי הוא מתנגד לקיומם של מסלולים מקוצרים בחטיבה, כגון ישיבות ההסדר, מח"ל ונח"ל, אותם הוא רואה כלא-ערכיים. הוא ציין כי נוהג שלא לקדם חיילים המשרתים במסלול מקוצר כיוון שזה לא כלכלי, עקב תקופת השירות הקצרה שלהם.[9] את תפקידו סיים ב-14 באפריל2011.
ב-5 באוקטובר 2021 מונה לראש אגף המודיעין.[16][17] בתפקידו העריך כי אסדת גז לבנונית תביא ליציבות בגזרה זו ולכן הקמתה היא אינטרס ישראלי.[18] בכנס שבו השתתף באוניברסיטת רייכמן בספטמבר 2022, העריך חליוה שלישראל יש אינטרס ביטחוני לייצב את הרשות הפלסטינית, כדי להפחית את הטרור. בגזרת עזה, טען שמבצע שומר החומות ממאי 2021 יביא לשקט ל-5 שנים, בזכות תהליכי ייצוב הכלכלה ברצועה.[19]
ב-17 באוקטובר 2023, לאחר טבח שבעה באוקטובר, כתב באיגרת שהוציא לחייליו: "לא עמדנו במשימה החשובה ביותר שלנו, וכראש אמ"ן אני נושא באחריות המלאה לכישלון".[21][22]
ב-22 באפריל2024 הודיע לרמטכ"ל על בקשתו לסיים את תפקידו ולפרוש מצה"ל, לאחר השלמת התחקירים המבצעיים והעברת תהליך חפיפה למחליף שימונה, בעקבות אחריותו הפיקודית כראש אמ"ן באירועי 7 באוקטובר. במכתב שהעביר לרמטכ"ל קרא להקמת ועדת חקירה ממלכתית שתחקור את כלל הגורמים והנסיבות שהובילו לאירועים.[23][24] הוא פרש מתפקידו ב-21 באוגוסט 2024.[25]
^גילי כהן, 1987 השנה ששינתה את חיי, במחנה, 26 בספטמבר 2008, עמוד 26, כפי שהועלה באתר פרש, אהרון חליוה: "פחות מחודש לאחר סיום קורס הקצינים, נלחמתי עם המחלקה שלי במיידון שבלבנון. פשטנו על בסיס מחבלים, שם איבדתי חייל, סמל מרקו ברנשטיין, ואת מפקד הפלוגה, ציון מזרחי"
.jpg)
.svg){kind=small}
