Après avoir été pendant 3 ans l'adjoint de Fabien Galthié puis de Jake White, au Montpellier HR, chargé des trois-quarts, il devient l'entraîneur des lignes arrière à Oyonnax de 2015 à 2017 puis au FC Grenoble de 2017 à 2021.
Il a honoré sa première cape internationale en équipe de France le par une défaite 19-14 à Murrayfield contre l'équipe d'Écosse. Réputé pour sa capacité à prendre les intervalles, la fluidité de ses courses et sa technique de passe, Stéphane Glas, pourtant bon plaqueur, se verra souvent reprocher son gabarit jugé trop léger pour évoluer en équipe nationale et faire face aux puissants trois-quarts centre de l'hémisphère sud[1].
En 2012, il devient entraîneur adjoint de Fabien Galthié, au Montpellier HR, chargé des trois-quarts aux côtés de Mario Ledesma, chargé des avants. Lors de la saison 2014-2015, à la suite du limogeage de Mario Ledesma en novembre, il présente sa démission au président Mohed Altrad mais celui-là refuse. Le , le manager Fabien Galthié est mis à pied mais Stéphane Glas est conservé jusqu'à la fin de la saison. Il intègre le staff du nouveau manager Jake White, aux côtés de Shaun Sowerby et Didier Bès.
Le , l'US Oyonnax annonce qu'il sera le nouvel entraineur responsable des trois-quarts à partir du et pour 3 saisons sportives. Il assure l'entrainement de l'équipe professionnelle au côté d’Olivier Azam et Pascal Peyron. En , Olivier Azam est remplacé par Johann Authier. À la fin de la saison 2015, le club descend en Pro D2, Stéphane Glas et Johann Authier conservent leurs postes dans le staff tandis que Adrien Buononato remplace Pascal Peyron. En , il annonce qu'il quitte l'USO durant l'été par solidarité avec le manager, Johann Authier, qui cesse également ses fonctions en fin de saison[3]. Il termine l'aventure avec l'US Oyonnax sur le titre de champion de France de Pro D22017.
En 2017, il devient entraîneur des arrières du FC Grenoble, relégué en Pro D2, au côté de Dewald Senekal, entraîneur des avants[4].
Il connaît une montée et une descente avec le club isérois.
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