Une rumeur court selon laquelle Marie-Isabelle aurait pu être la fille de Manuel Godoy et dans ses accès d'humeurs sa belle-mère, la reine Marie-Caroline, qui n'était pas plus une épouse fidèle que ne l'avait été la mère de sa bru, la traitait de "bâtarde épileptique engendrée par le crime et la scélératesse". Par ailleurs, la jeune femme mena une vie fort légère qui choqua certains de ses enfants.
Le , âgée de 13 ans elle épousa le futur roi François Ier des Deux-Siciles, son cousin germain, 25 ans, veuf de Marie-Clémentine d'Autriche (1777-1801), leur commune cousine utérine, père d'une petite fille, Marie-Caroline de Bourbon-Siciles, future duchesse de Berry.
Charles-Ferdinand (1811-1862), prince de Capoue, en 1836 il contracte une union morganatique avec Pénélope Smyth (1815-1882) qui, à l'occasion, fut titrée duchesse de Mascali ;
Devenue veuve, elle tenta d'imposer la régence contre son fils, le roi Ferdinand II, mais le complot fut découvert. La jeune reine Marie-Christine s'entremit pour réconcilier la mère et le fils. Marie-Isabelle intervint vainement en faveur de son fils préféré, le frivole prince de Capoue qui contracta une union morganatique et passa le reste de son existence en exil.
La reine-mère s'éprit d'un officier autrichien qu'elle songea épouser mais l'homme n'exigeait rien moins que le prédicat d' « Altesse Royale ». Outrée, Marie-Isabelle demanda au roi de le faire expulser du royaume. Elle épousa en 1839 un officier, Francesco, comte del Balzo, (1804-1882). Populaire en raison de sa charité, elle mourut peu après les événements de 1848 et fut inhumée en la basilique Santa Chiara de Naples, nécropole des rois des Deux-Siciles.
Ascendance
Ascendance sur 5 générations de Marie-Isabelle d'Espagne