Christian-Ernest est le seul fils d'Erdmann-Auguste de Brandebourg-Bayreuth, prince héritier du margraviat de Brandebourg-Bayreuth, et de son épouse Sophie de Brandebourg-Ansbach. Son père meurt en 1651, faisant de lui l'héritier de son grand-père Christian. Lorsque celui-ci meurt, en 1655, Christian-Ernest devient margrave. Comme il est encore mineur, son oncle Georges-Albert assure la régence jusqu'en 1664.
Allié fidèle de l'empereur Léopold Ier, Christian-Ernest entre dans l'armée impériale le 12 février 1664. En mars 1676, il est nommé maréchal de camp général, puis feldmarschall impérial en 1691. Il participe aux guerres contre la France et au siège de Vienne de 1683.
Christian-Ernest est un prince tolérant qui encourage et développe l'administration, l'économie et l'armée. Il centralise son pourvoir à Bayreuth et crée en 1701 l'académie des Chevaliers, école réservée aux fils d'aristocrates allemands. En 1664, il fonde le collège qui porte encore son nom, le collège Christian Ernestenum. Sur la place des Écuries, il fait construire une église fortifiée. En 1695, il fait ériger la tour octogonale par l'architecte Leonhard Dientzenhofer. Il se passionne également pour les chevaux et les chiens.
Michel Huberty, Alain Giraud, F. et B. Magdelaine, L'Allemagne dynastique, t. V, Hohenzollern-Waldeck. Familles alliées A-B., chez Alain Giraud, Le Perreux-sur-Marne, 1988.