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Bernard Debré meurt des suites d’un cancer le , à l’âge de 75 ans[4] à Paris[5], quelques heures avant le décès de son frère François[6]. Il est inhumé à Préfailles, le 18 septembre 2020[7].
Entre 2004 et 2017, il est député de la 15e circonscription de Paris à la suite de sa candidature à l'élection législative partielle des 20 et 27 juin 2004 dans cette 15e circonscription de Paris (nord du 16e arrondissement). Candidat dissident[8] sans étiquette soutenu par le député sortant Gilbert Gantier, il a ainsi obtenu près de 59 % des suffrages, contre 20 % à son adversaire malheureux, l'UMPLaurent Dominati, qui rate son parachutage dans l'ouest parisien après son échec en 2002 dans le centre de Paris, ancienne terre d'élection de son père Jacques Dominati, où il n'est pas réélu. Une fois élu, il s'inscrit au groupe UDF à l'Assemblée nationale comme apparenté, puis change de camp, en passant à l'UMP, toujours comme apparenté. En 2007, à la suite de sa réélection, il adhère pleinement au groupe UMP, sans être toutefois encarté dans ce parti. Bernard Debré ne se représente pas aux élections législatives de 2017[9].
Bien qu'il souhaite se présenter à la mairie de Paris en 2008, sans se soumettre au système des primaires à l'UMP pour les municipales, il annonce en décembre 2005 qu'il souhaitait rejoindre l'UMP, auquel il est apparenté à l'Assemblée nationale. La même année, il crée l'association « Pour Paris », pour préparer sa candidature pour le scrutin municipal de 2008. Par ce biais, il veut éviter de passer par le système des primaires de l'UMP, qui doit désigner le candidat officiel du parti présidentiel. À la veille des élections municipales, il conteste toujours le leadership de l'opposition à Françoise de Panafieu qui a été désignée tête de liste par les militants, tout comme le député Pierre Lellouche, qui lui était arrivé avant-dernier aux primaires de l'UMP. Cependant, Bernard Debré déclare être prompt à négocier pour laisser la place à la députée-maire du 17e. Après avoir ouvertement ambitionné de devenir maire de Paris, puis maire du 16e arrondissement[10], il n'est finalement que troisième sur la liste UMP de ce même arrondissement[11], et, à l'issue du scrutin, devient conseiller de Paris et conseiller d'arrondissement.
Le , il annonce qu'il est candidat à la mairie du 17e arrondissement de Paris en 2014[12]. Un accord est finalement trouvé avec la maire sortante Brigitte Kuster et il figure en deuxième position sur sa liste, qui est reconduite, Bernard Debré étant donc réélu conseiller de Paris.
Il est l'un des trente-cinq membres signataires de la charte fondatrice de la Droite populaire, collectif parlementaire qu'il quittera par la suite[17].
Pour l'ouvrage controversé de Bernard Debré et Philippe Evenle Guide des 4 000 médicaments utiles, inutiles ou dangereux publié en 2012, les deux auteurs sont condamnés le 17 mars 2014 par la chambre disciplinaire de première instance de l'ordre des médecins d'Île-de-France à une sanction d'interdiction d'exercer la médecine pendant un an, dont six mois avec sursis, au motif qu'il convient « d'éviter de mettre en cause la compétence et l'honnêteté de médecins, notamment allergologues et cardiologues »[18] et que « par [le] caractère catégorique, voire péremptoire de leurs affirmations, les auteurs ont, au mépris de leurs obligations déontologiques, entendu donner aux ouvrages incriminés un tour spectaculaire non dépourvu de visées commerciales »[19],[20]. Le 8 décembre 2015 en appel, la chambre disciplinaire nationale de l'ordre des médecins casse la décision de première instance et lève l'interdiction d'exercer. Un blâme est infligé aux auteurs[21].
Avertissement aux malades, aux médecins et aux élus (2002, en collaboration avec Philippe Even) et De la mauvaise conscience en général et de l'Afrique en particulier, 2003
Nous t'avons tant aimé. L'euthanasie, l'impossible loi, 2004
Le Roman de Shanghai, 2005
La Revanche du serpent ou la fin de l'homo sapiens, 2005 (ISBN2-74910475-0)
La Véritable Histoire des génocides rwandais, Paris, Jean-Claude Gawsewitch, 2006
Savoir et pouvoir, pour une nouvelle politique de la recherche et du médicament, Paris, Le Cherche midi (2006, en collaboration avec Philippe Even)
De l’éthique ou le choix de l'homme - Petit traité subversif sur l'homme, ses arrangements avec Dieu, Le diable, la vie, la mort, l'avenir, Paris, Desclée de Brouwer, 2011 (ISBN978-2-22006306-5)
Les Leçons du Mediator - L’intégralité du rapport sur les médicaments, Paris, Le Cherche Midi, 2011 (ISBN978-2-74912173-4)
Guide des 4000 médicaments utiles, inutiles ou dangereux (en collaboration avec Philippe Even), Paris, Le Cherche Midi, 2012 (ISBN2749121418)
Des savants et des dieux, Paris, Le Cherche Midi, 2013 (ISBN2749127211)
↑Philippe Lamy (sous la dir. de Claude Dargent), Le Club de l'horloge (1974-2002) : évolution et mutation d'un laboratoire idéologique (thèse de doctorat en sociologie), Paris, université Paris-VIII, (SUDOC197696295, lire en ligne), p. 447.
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