Dès 1999, il enseigne l'histoire au Frankreichzentrum (Centre d'études françaises) à Berlin, qui a d'abord été associé à l'université technique de Berlin, avant d'être rattaché en 2007 à l'université libre de Berlin (FU). En tant que professeur, il est alors membre du Friedrich-Meinecke-Institut de la FU. Le , il y donne sa dernière leçon.
De 1991 à 1992, il est membre associé du Wissenschaftskolleg (collège scientifique) à Berlin. En 1992, il participe à la fondation du Centre Marc Bloch[3] à Berlin, dont il reste le directeur jusqu'en 1999.
En janvier 2010, il est nommé membre du comité d'orientation scientifique de la Maison de l'histoire de France[4].
Étienne François a consacré la plupart de ses recherches à l'histoire sociale et culturelle de l'époque moderne de la France aussi bien que de l'Allemagne. L'analyse des mentalités nationales et culturelles dans leur développement historique joue un rôle primordial pour lui, surtout dans les relations franco-allemandes. La constante de son travail intellectuel est le paradigme du lieu de mémoire. François écrit des livres en français aussi bien qu'en allemand.
Publications (sélection)
Comme auteur
« Population et société à Coblence au XVIIIe siècle », Nancy, 1975 (thèse de doctorat)
Koblenz im 18. Jahrhundert. Zur Sozial- und Bevölkerungsstruktur einer deutschen Residenzstadt, Göttingen, 1982
Die unsichtbare Grenze. Protestanten und Katholiken in Augsburg 1648 - 1806, Sigmaringen, 1991
Comme éditeur
Sociabilité et société bourgeoise en France, en Allemagne et en Suisse, 1750-1850, Paris, 1986
Berlin. Capitale, mythe, enjeu, Nancy, 1988
Nation und Emotion. Deutschland und Frankreich im Vergleich, Göttingen, 1995 (ISBN978-3-525-35773-6)
Die Grenze als Raum, Erfahrung und Konstruktion. Deutschland, Frankreich und Polen vom 17. bis 20. Jahrhundert, Francfort s.l.M., 2007 (ISBN978-3-593-38212-8)
Europa. Notre histoire (co-direction avec Thomas Serrier et en collaboration avec Akiyoshi Nishiyama, Pierre Monnet, Olaf Rader, Valérie Rosoux et Jakob Vogel), Paris, Les Arènes 2017