Bagi sebagian besar tokoh nonsains, Baltimore terkenal dalam peristiwa kejahatan ilmiah. Pada 1986, Baltimore menjadi salah satu pengarang karya ilmiah mengenai kekebalan dengan Thereza Imanishi-Kari dll. Setelah Imanishi-Kari didakwa memalsukan data, awalnya Baltimore menolak menarik kembali kertas itu (meski akhirnya dilakukannya juga). Karena penelitian itu didanai oleh pemerintahfederalAmerika Serikat melalui National Institutes of Health, masalah itu diambil alih oleh Kongres AS, di mana secara agresif diikuti oleh anggota perwakilan John Dingell di antara lainnya. Karena kontroversi yang berlanjut, pada 1991 Baltimore dipaksa turun dari jabatan pimpinan Universitas Rockefeller, yang ia diangkat hanya setahun lebih awal. Pada 1996, seorang panel ahli yang ditunjuk oleh pemerintah federal membersihkan nama Imanishi-Kari dari kejahatan.