До нашої ери територію сучасної Бежі заселяли кельто-іберійські племена. Після римського завоювання Іспанії й укладання миру з лузітанами 48 до н.е. римляни збудували тут колонію, яку назвали Пакс Юлія (Pax Julia) на честь Юлія Цезаря. Вона розташовувалася на стратегічно важливому пагорбі, висотою 277 м, що домінував над рівнинами регіону та лежав на перехресті шляхів. Колонія переросла у містечко й стала однією зі столиць римської провінції Лузітанія. За правління імператора Октавіана Августа місто називали на його честь — Пакс Августа (Pax Augusta)[7].
Після падіння Римської імперії місто увійшло до складу Вестготського королівства й стало називатися Пака (Paca). Воно було центром християнського Пакського єпископства, першим головою якого був святий Апрігій (?—530).
713 року, в ході мусульманського завоювання Іспанії, місто захопили війська Омеядського халіфату. Завойовники змінили назву поселення на Бажа (Baja, باجة), що згодом трансформувалося у Бежа. Місто та його околиці були включені до новоствореного регіону аль-Гарб (Захід) мусульманської Іспанії. Християнське єпископство фактично перестало існувати.
1031 року, внаслідок падіння Кордовського халіфату, Бежа стала центральним місто Безької тайфи, самостійного мусульманського емірату. 1144 року її правитель Сідрай ібн Вазір підтримав повстанців проти володаря Севільї. Тайфа проіснувала до 1150 року, коли Бежу захопили війська берберськихАльмохадів. Вони приєднали її до своєї північноафриканської імперії.
1162 року, під час Реконкісти, християнські португальські війська під проводом Фернана Гонсалвіша звільнили Бежу. Проте вже 1175 року Альмохади повернули собі місто й контролювали його наступні півстоліття. Остаточне звільнення Бежі відбулося 1234 року за правління португальського короля Саншу ІІ. Вона увійшла до складу провінції АлентежуПортугальського королівства.
1253 року португальський король Афонсу III заклав будівництво Безького замку, а наступного 1254 року надав Бежі форал, яким визнав за поселенням статус містечка та муніципальні самоврядні права. 1524 року португальський король Мануел I надав Бежі новий форал, яким визнав статус міста.
Протягом Реставраційної війни 1640—1668 років Бежу почергово займали португальські й іспанські війська.
1808 року, в ході Піренейської війни, Бежу окупували французькі війська під проводом генерала Жана-Андоша Жюно. Вони пограбували місто й винищили частину його мешканців.
У 1936—1976 роках Бежа була адміністративним центром провінції Нижнє Алентежу.
До 1834 року в Бежі діяло багато католицьких чернечих орденів, що мали монастирі в самому місті й околицях. Зокрема, з 1324 року тут працювали францисканці, запрошені святою королевою Ізабеллою[10]. У 1562 році свою працю розпочали кармеліти, а 1609 року — капуцини[10].
Безький замок — середньовічний замок ХІІІ ст. Військовий музей.
Безький собор — головний храм католицької Безької діоцезії. Збудований 1590 року як церква святого Якова Старшого. Статус катедрального собору має з 1925 року.
