Сан-Жуан-да-Пешкейра розташоване на півночі Португалії, на північному сході округу Візеу.
Сан-Жуан-да-Пешкейра межує на півночі з муніципалітетом Аліжо, на північному сході — з муніципалітетом Карразеда-де-Ансіайнш, на сході — з муніципалітетом Віла-Нова-де-Фош-Коа, на південному сході — з муніципалітетом Пенедону, на півдні — з муніципалітетом Сернансельє, на заході — з муніципалітетом Табуасу, на північному заході — з муніципалітетом Саброза.
Історія
1055 року леонський король Фернандо I надав Сан-Жуану форал (фуеро), яким визнав за поселенням статус містечка та муніципальні самоврядні права.